Identification of diffusion routes of O/EA‐3 topotype of foot‐and‐mouth disease virus in Africa and Western Asia between 1974 and 2019 – a phylogeographic analysis
Notice bibliographique
Résumé
Foot-and-mouth disease (FMD) affects the livestock industry and socio-economic sustainability of many African countries. The success of FMD control programs in Africa depends largely on understanding the dynamics of FMD virus (FMDV) spread. In light of the recent outbreaks of FMD that affected the North-Western African countries in 2018 and 2019, we investigated the evolutionary phylodynamics of the causative serotype O viral strains all belonging to the East-Africa 3 topotype (O/EA-3). We analyzed a total of 489 sequences encoding the FMDV VP1 genome region generated from samples collected from 25 African and Western Asian countries between 1974 and 2019. Using Bayesian evolutionary models on genomic and epidemiological data, we inferred the routes of introduction and migration of the FMDV O/EA-3 topotype at the inter-regional scale. We inferred a mean substitution rate of 6.64 10−3 nt/site/year and we predicted that the most recent common ancestor (MRCA) for our panel of samples circulated between February 1967 and November 1973 in Yemen, likely reflecting the epidemiological situation in under sampled cattle-exporting East African countries. Our study also reinforces the role previously described of Sudan and South Sudan as a frequent source of FMDVs spread. In particular, we identified two transboundary routes of O/EA-3 diffusion: the first from Sudan to North-East Africa, and from the latter into Israel and Palestine AT; a second from Sudan to Nigeria, Cameroon, and from there to further into West and North-West Africa. This study highlights the necessity to reinforce surveillance at an inter-regional scale in Africa and Western Asia, in particular along the identified migration routes for the implementation of efficient control measures in the fight against FMD. This article is protected by copyright. All rights reserved
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».