Making Cytometry of Reaction Rate Constant (CRRC) Applicable to Motile Cells
Notice bibliographique
Résumé
Cytometry of Reaction Rate Constant (CRRC) is a method for studying heterogeneity of cell populations with regards to activity of cellular reactions. It is based on time-lapse fluorescence microscopy which facilitates following reaction kinetics in individual cells. The current CRRC workflow utilizes a single fluorescence image to manually identify cell contours; these contours are then used to determine fluorescence intensity of individual cells in the entire time-stack of images. This workflow can only be used reliably if the cells maintain their positions during the time-lapse measurements; if the cells move, the results of a CRRC experiment will be inaccurate. The requirement of invariant cell positions during a prolonged imaging is impossible to satisfy for motile cells. Here we report on developing an advanced workflow that makes CRRC applicable to motile cells. The new workflow combines fluorescence microscopy with brightfield (BF) microscopy and utilizes automated processing and analysis of images. A BF image is taken right after every fluorescence image and used to determine cell contours. The contours are tracked through the time-stack of BF images to account for cell movement. A set of contours, which is unique for every image, is then used to determine fluorescence intensity of cells in the associated fluorescent image. Finally, time dependencies of intracellular fluorescence intensities are used to determine the rate constant and plot a kinetic histogram “number of cells vs rate constant”. The robustness of the new workflow to cell movement was confirmed experimentally by conducting a CRRC study of cross-membrane transport in motile cells. The new workflow makes CRRC applicable to a wide range of cell types and eliminates the influence of cell motility on the accuracy of results.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».