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Enregistrement W4224231467 · doi:10.1038/s41598-022-10186-z

Microbiome and related structural features of Earth’s most archaic plant indicate early plant symbiosis attributes

2022· article· en· W4224231467 sur OpenAlexaff
Anchittha Satjarak, G. Karen Golinski, Marie T. Trest, Linda E. Graham

Notice bibliographique

RevueScientific Reports · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant Parasitism and Resistance
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesUniversity of Wisconsin-MadisonNational Science Foundation
Mots-clésSymbiosisMicrobiomeBiologyEvolutionary biologyComputational biologyBioinformaticsGeneticsBacteria

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Origin of earliest land plants from ancestral algae dramatically accelerated the evolution of Earth's terrestrial ecosystems, in which microbial symbioses have played key roles. Recent molecular diversification analyses identify the rare, geographically-limited moss Takakia as Earth's most archaic modern land plant. Despite occupying a phylogenetic position pivotal for understanding earliest plants, Takakia microbial associations are poorly known. Here, we describe symbiosis-related structural features and contig-based metagenomic data that illuminate the evolutionary transition from streptophyte algae to early embryophytes. We observed that T. lepidozioides shares with streptophyte algae secretion of microbe-harboring mucilage and bacterial taxa such as Rhizobium and genes indicating nitrogen fixation. We find that Takakia root-analogs produce lateral mucilage organs that are more complex than generally understood, having structural analogies to angiosperm lateral roots adapted for N-fixation symbioses, including presence of intracellular microbes. We also find structural and metagenomic evidence for mycorrhiza-like species of glomalean fungi (including Rhizophagus irregularis) not previously known for mosses, as well as ascomycete fungi (e.g. Rhizoscyphus ericae) that associate with other early-diverging plants. Because Takakia is the oldest known modern plant genus, this study of plants of a remote locale not strongly influenced by human activities may indicate microbiome features of early land plants.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,880
Score d'incertitude au seuil0,642

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,187
Écart entre enseignants0,178 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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