Mapping and identification of molecular markers for the Pc96 gene conferring resistance to crown rust in oat
Notice bibliographique
Résumé
Oat crown rust caused by Puccinia coronata Cda f. sp. avenae Erikss (Pca), is a major constraint to oat (Avena sativa L.) production in many parts of the globe, with host resistance applied as a common strategy to curb crown rust epidemics. Combining multiple sources of crown rust resistance (for example, Pc genes conferring seedling resistance) in a single genetic background can be expedited by marker-assisted selection using molecular markers that are tightly linked with resistance loci. Pc96 is a race-specific crown rust resistance gene originating from cultivated oat that has been deployed in North American oat breeding programs. SNP markers linked with Pc96 were identified using multiple interval mapping with 899 polymorphic SNPs in a recombinant inbred line population developed from a cross between the oat crown rust differential known to carry Pc96 and the differential line carrying Pc54. A single resistance locus was identified on chromosome 7D between 60.4 and 91.6 cM with a peak LOD at 87.3 cM. The resistance locus and linked SNPs were validated in two additional biparental populations, Ajay x Pc96 and Pc96 x Kasztan. Genotype state at a combination of two linked SNPs predicted the absence of Pc96 in a broad group of germplasm with 5% miss-classification. SNPs that are closely linked to the gene may be beneficial as PCR-based molecular markers in marker-assisted selection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».