Antimicrobial susceptibility testing of clinical isolates of Gram-negative bacilli collected in Morocco by the ATLAS Global Surveillance Program from 2018 to 2020
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: To report reference method antimicrobial susceptibility testing results for recent clinical isolates of Gram-negative bacilli from Morocco. METHODS: CLSI (Clinical and Laboratory Standards Institute) broth microdilution antimicrobial susceptibility testing was performed by a central laboratory for isolates of Enterobacterales (n = 810), Pseudomonas aeruginosa (n = 321), and Acinetobacter baumannii (n = 191) collected in 2018-2020 by three hospital laboratories in Morocco. MICs were interpreted using both CLSI (2021) and EUCAST (European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing) (2021) breakpoints. Molecular testing for β-lactamase genes was performed on isolates meeting defined screening criteria. RESULTS: Most isolates of Enterobacterales were susceptible (CLSI/EUCAST breakpoints) to amikacin (98.0%/96.2%), ceftazidime-avibactam (94.8%/94.8%), and meropenem (92.5%/94.2%). Of Enterobacterales isolates eligible for β-lactamase gene screening (n = 210), 174 were ESBL-positive, 40 were metallo-β-lactamase-positive (all NDM), 39 were serine carbapenemase-positive (all OXA); and 7 isolates carried both OXA-48 and NDM-1. Amikacin (89.1%/89.1%) and ceftazidime-avibactam (88.2%/88.2%) were the most active agents tested against P. aeruginosa. Applying CLSI and EUCAST breakpoints, MDR rates were 21.9% and 29.3% for Enterobacterales and 18.4% and 21.8% for P. aeruginosa. Susceptible rates for amikacin, ceftazidime-avibactam, and meropenem were 93.2%/89.5%, 77.4%/82.3%, and 67.8%/80.2% for MDR Enterobacterales and 50.8%/57.1%, 40.7%/45.7%, and 27.1/32.9% for MDR P. aeruginosa. ≥70% of A. baumannii isolates were resistant to all agents tested (except colistin, EUCAST breakpoints only) including amikacin and meropenem. CONCLUSION: Newer β-lactam/β-lactamase inhibitor combinations such as ceftazidime-avibactam warrant testing and reporting for Enterobacterales and P. aeruginosa in Morocco given the presence of significant resistance to first-line β-lactams and fluoroquinolones, pervasive ESBLs and carbapenemases, and toxicity concerns associated with some second-line agents.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».