Wastewater to clinical case (WC) ratio of COVID-19 identifies insufficient clinical testing, onset of new variants of concern and population immunity in urban communities
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Clinical testing has been the cornerstone of public health monitoring and infection control efforts in communities throughout the COVID-19 pandemic. With the extant and anticipated reduction of clinical testing as the disease moves into an endemic state, SARS-CoV-2 wastewater surveillance (WWS) is likely to have greater value as an important diagnostic tool to inform public health. As the widespread adoption of WWS is relatively new at the scale employed for COVID-19, interpretation of data, including the relationship to clinical cases, has yet to be standardized. An in-depth analysis of the metrics derived from WWS is required for public health units/agencies to interpret and utilize WWS-acquired data effectively and efficiently. In this study, the SARS-CoV-2 wastewater signal to clinical cases (WC) ratio was investigated across seven different cities in Canada over periods ranging from 8 to 21 months. Significant increases in the WC ratio occurred when clinical testing eligibility was modified to appointment-only testing, identifying a period of insufficient clinical testing in these communities. The WC ratio decreased significantly during the emergence of the Alpha variant of concern (VOC) in a relatively non-immunized community’s wastewater (40-60% allelic proportion), while a more muted decrease in the WC ratio signaled the emergence of the Delta VOC in a relatively well-immunized community’s wastewater (40-60% allelic proportion). Finally, a rapid and significant decrease in the WC ratio signaled the emergence of the Omicron VOC, likely because of the variant’s greater effectiveness at evading immunity, leading to a significant number of new reported clinical cases, even when vaccine-induced community immunity was high. The WC ratio, used as an additional monitoring metric, complements clinical case counts and wastewater signals as individual metrics in its ability to identify important epidemiological occurrences, adding value to WWS as a diagnostic technology during the COVID-19 pandemic and likely for future pandemics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».