Functional Analysis of an Intronic FBN1 Pathogenic Gene Variant in a Family With Marfan Syndrome
Notice bibliographique
Résumé
Marfan syndrome (MFS) is an autosomal dominant connective tissue disorder that canonically affects the ocular, skeletal, and cardiovascular system, in which aortic tear and rupture is the leading cause of death for MFS patients. Genetically, MFS is primarily associated with fibrillin-1 (FBN1) pathogenic variants. However, the disease-causing variant in approximately 10% of patients cannot be identified, partly due to some cryptic mutations that may be missed using routine exonic sequencing, such as non-coding intronic variants that affects the RNA splicing process. We present a 32-year female with typical MFS systemic presentation that reached to a clinical diagnosis according to the revised Ghent nosology. We performed whole-exome sequencing (WES) but the report failed to identify known causal variants when analyzing the exonic sequence. However, further investigation on the exon/intron boundaries of the WES report revealed a candidate intronic variant of the fibrillin 1 (FBN1) gene (c.248-3 C>G) that predicted to affect the RNA splicing process. We conducted minigene splicing analyses and demonstrated that the c.248-3 C>G variant abolished the canonical splicing site of intron 3, leading to activation of two cryptic splicing sites and causing insertion (c.248-1_248-2insAG and c.248-1_248-282ins). Our study not only characterizes an intronic variant to the mutational spectrum of the FBN1 gene in MFS and its aberrant effect on splicing, but highlights the importance to not neglect the exon/intron boundaries when reporting and assessing WES results. We point out the need of conducting functional analysis to verify the pathogenicity of intronic mutation, and the opportunity to re-consider the standard diagnostic approaches in cases of clinically diagnosed MFS with normal or variant of unknown significance genetic results.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».