Analysis of GWAS-nominated loci for lung cancer and COPD revealed a new asthma locus
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Asthma, lung cancer (LC) and chronic obstructive pulmonary disease (COPD) are three respiratory diseases characterized by complex mechanisms underlying and genetic predispositions, with asthma having the highest calculated heritability. Despite efforts deployed in the last decades, only a small part of its heritability has been elucidated. It was hypothesized that shared genetic factors by these three diseases could help identify new asthma loci. METHODS: GWAS-nominated LC and COPD loci were selected among studies performed in Caucasian cohorts using the GWAS Catalog. Genetic analyses were carried out for these loci in the Saguenay-Lac-Saint-Jean (SLSJ) asthma familial cohort and then replicated in two independent cohorts (the Canadian Cohort Obstructive Lung Disease [CanCOLD] and the Epidemiological Study of the Genetics and Environment of Asthma [EGEA]). RESULTS: Analyses in the SLSJ cohort identified 2851 and 4702 genetic variants to be replicated in the CanCOLD and EGEA cohorts for LC and COPD loci respectively. Replication and meta-analyses allowed the association of one new locus with asthma, 2p24.3, from COPD studies. None was associated from LC studies reported. CONCLUSIONS: The approach used in this study contributed to better understand the heritability of asthma with shared genetic backgrounds of respiratory diseases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».