Alterations in 3D chromatin organization contribute to tumorigenesis of <i>EGFR</i> -amplified glioblastoma
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Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background EGFR amplification and/or mutation are found in more than half of the cases with glioblastoma. Yet, the role of chromatin interactions and its regulation of gene expression in EGFR -amplified glioblastoma remains unclear. Methods In this study, we explored alterations in 3D chromatin organization of EGFR- amplified glioblastoma and its subsequent impact by performing a comparative analysis of Hi-C, RNA-seq, and whole-genome sequencing (WGS) on EGFR -amplified glioblastoma-derived A172 and normal astrocytes (HA1800 cell line). Results A172 cells showed an elevated chromatin relaxation, and unexpected entanglement of chromosome regions. A genome-wide landscape of switched compartments and differentially expressed genes between HA1800 and A172 cell lines demonstrated that compartment activation reshaped chromatin accessibility and activated tumorigenesis-related genes. Topological associating domain (TAD) analysis revealed that altered TAD domains in A172 also contribute to oncogene activation and tumor repressor deactivation. Interestingly, glioblastoma-derived A172 cells showed a different chromatin loop contact propensity. Genes in tumorigenesis-associated signaling pathways were significantly enriched at the anchor loci of altered chromatin loops. Oncogene activation and tumor repressor deactivation were associated with chromatin loop alteration. Structure variations (SVs) had a dramatic impact on the chromatin conformation of EGFR- amplified glioblastoma-derived tumor cells. Moreover, our results revealed that 7p11.2 duplication activated EGFR expression in EGFR -amplified glioblastoma via neo-TAD formation and novel enhancer-promoter interaction emergence between LINC01446 and EGFR . Conclusions The disordered 3D genomic map and multi-omics data of EGFR- amplified glioblastoma provide a resource for future interrogation of the relationship between chromatin interactions and transcriptome in tumorigenesis.
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
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| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
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