Understanding Willow Transcriptional Response in the Context of Oil Sands Tailings Reclamation
Notice bibliographique
Résumé
One of the reclamation objectives for treated oil sands tailings (OST) is to establish boreal forest communities that can integrate with the surrounding area. Hence, selection of appropriate soil reclamation cover designs and plant species for revegetation are important aspects of tailings landform reclamation and closure. Research and monitoring of the long term and immediate impacts of capped OST on the growth and survival of native boreal plant species are currently underway. However, plant responses to OST-associated toxicity are not well known at the molecular level. Using RNA sequencing, we examined the effects of three types of OST on the willow transcriptome under different capping strategies. The transcriptomic data showed that some genes respond universally and others in a specific manner to different types of OST. Among the dominant and shared upregulated genes, we found some encoding protein detoxification (PD), Cytochrome P450 (CYPs), glutathione S-transferase regulatory process (GST), UDP-glycosyltransferase (UGT), and ABC transporter and regulatory process associated proteins. Moreover, genes encoding several stress-responsive transcription factors (bZIP, BHLH, ERF, MYB, NAC, WRKY) were upregulated with OST-exposure, while high numbers of transcripts related to photosynthetic activity and chloroplast structure and function were downregulated. Overall, the expression of 40 genes was found consistent across all tailings types and capping strategies. The qPCR analysis of a subset of these shared genes suggested that they could reliably distinguish plants exposed to different OST associated stress. Our results indicated that it is possible to develop OST stress exposure biosensors merely based on changes in the level of expression of a relatively small set of genes. The outcomes of this study will further guide optimization of OST capping and revegetation technology by using knowledge based plant stress adaptation strategies.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».