Meiotic cDNA libraries reveal gene truncations and mitochondrial proteins important for competitive fitness in <i>Saccharomyces cerevisiae</i>
Notice bibliographique
Résumé
Gametogenesis is an evolutionarily conserved developmental program whereby a diploid progenitor cell undergoes meiosis and cellular remodeling to differentiate into haploid gametes, the precursors for sexual reproduction. Even in the simple eukaryotic organism Saccharomyces cerevisiae, the meiotic transcriptome is very rich and complex, thereby necessitating new tools for functional studies. Here, we report the construction of 5 stage-specific, inducible complementary DNA libraries from meiotic cells that represent over 84% of the genes found in the budding yeast genome. We employed computational strategies to detect endogenous meiotic transcript isoforms as well as library-specific gene truncations. Furthermore, we developed a robust screening pipeline to test the effect of each complementary DNA on competitive fitness. Our multiday proof-of-principle time course revealed 877 complementary DNAs that were detrimental for competitive fitness when overexpressed. The list included mitochondrial proteins that cause dose-dependent disruption of cellular respiration as well as library-specific gene truncations that expose a dominant negative effect on competitive growth. Together, these high-quality complementary DNA libraries provide an important tool for systematically identifying meiotic genes, transcript isoforms, and protein domains that are important for a specific biological function.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».