Comparative analysis of Thalassionema chloroplast genomes revealed hidden biodiversity
Notice bibliographique
Résumé
The cosmopolitan Thalassionema species are often dominant components of the plankton diatom flora and sediment diatom assemblages in all but the Polar regions, making important ecological contribution to primary productivity. Historical studies concentrated on their indicative function for the marine environment based primarily on morphological features and essentially ignored their genomic information, hindering in-depth investigation on Thalassionema biodiversity. In this project, we constructed the complete chloroplast genomes (cpDNAs) of seven Thalassionema strains representing three different species, which were also the first cpDNAs constructed for any species in the order Thalassionematales that includes 35 reported species and varieties. The sizes of these Thalassionema cpDNAs, which showed typical quadripartite structures, varied from 124,127 bp to 140,121 bp. Comparative analysis revealed that Thalassionema cpDNAs possess conserved gene content inter-species and intra-species, along with several gene losses and transfers. Besides, their cpDNAs also have expanded inverted repeat regions (IRs) and preserve large intergenic spacers compared to other diatom cpDNAs. In addition, substantial genome rearrangements were discovered not only among different Thalassionema species but also among strains of a same species T. frauenfeldii, suggesting much higher diversity than previous reports. In addition to confirming the phylogenetic position of Thalassionema species, this study also estimated their emergence time at approximately 38 Mya. The availability of the Thalassionema species cpDNAs not only helps understand the Thalassionema species, but also facilitates phylogenetic analysis of diatoms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».