The impact of shifting demographics, variants of concern and vaccination on outcomes during the first 3 COVID-19 waves in Alberta and Ontario: a retrospective cohort study
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: In Canada, published outcome data for COVID-19 come largely from the first 2 waves of the pandemic. We examined changes in demographics and 30-day outcomes after SARS-CoV-2 infection during the first 3 pandemic waves in Alberta and Ontario; for wave 3, we compared outcomes between those infected with a variant of concern and those infected with the original "wild-type" SARS-CoV-2. METHODS: We conducted a population-based retrospective cohort study using linked health care data sets in Alberta and Ontario. We identified all-cause hospitalizations or deaths within 30 days after a positive result on a reverse transcription polymerase chain reaction test for SARS-CoV-2 in individuals of any age between Mar. 1, 2020, and June 30, 2021, with genomic confirmation of variants of concern. We compared outcomes in wave 3 (February 2021 to June 2021) with outcomes in waves 1 and 2 combined (March 2020 to January 2021) after adjusting for age, sex and Charlson Comorbidity Index score. Using wave 3 data only, we compared outcomes by vaccination status and whether or not the individual was infected with a variant of concern. RESULTS: < 0.001) and lower 30-day mortality (aOR 0.73, 95% CI 0.65-0.81). The 217 892 patients in wave 3 who were infected with a variant of concern (83.5% confirmed to have the Alpha variant, 1.7% confirmed to have the Delta variant) had a higher risk of death (Alpha: aOR 1.29, 95% CI 1.16-1.44; Delta: aOR 2.05, 95% CI 1.49-2.82) and hospitalization (Alpha: aOR 1.59, 95% CI 1.53-1.66; Delta: aOR 1.88, 95% CI 1.64-2.15) than those infected with wild-type SARS-CoV-2. INTERPRETATION: We observed a shift among those infected with SARS-CoV-2 toward younger patients with fewer comorbidities, a shorter length of hospital stay and lower mortality risk as the pandemic evolved in Alberta and Ontario; however, infection with a variant of concern was associated with a substantially higher risk of hospitalization or death. As variants of concern emerge, ongoing monitoring of disease expression and outcomes among vaccinated and unvaccinated individuals is important to understand the phenotypes of COVID-19 and the anticipated burdens for the health care system.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».