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Enregistrement W4225009166 · doi:10.3389/fpls.2022.887553

The SoyaGen Project: Putting Genomics to Work for Soybean Breeders

2022· review· en· W4225009166 sur OpenAlexafffundabout
François Belzile, Martine Jean, Davoud Torkamaneh, Aurélie Tardivel, Marc‐André Lemay, Chiheb Boudhrioua, Geneviève Arsenault‐Labrecque, Chloé Dussault‐Benoit, Amandine Lebreton, Maxime de Ronne, Vanessa Tremblay, Caroline Labbé, Louise S. O’Donoughue, Vincent-Thomas Boucher St-Amour, Tanya Copley, E. Fortier, Dave T. Ste‐Croix, Benjamin Mimee, Elroy R. Cober, Istvan Rajcan, E. Gagnon, Sylvain Legay, Jérôme Auclair, Richard R. Bélanger

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Plant Science · 2022
Typereview
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueSoybean genetics and cultivation
Établissements canadiensUniversity of SaskatchewanUniversity of GuelphAgriculture and Agri-Food CanadaGrain Research CentreUniversité Laval
Organismes subventionnairesGovernment of CanadaGrain Farmers of OntarioCanadian Field Crop Research AllianceGenome CanadaSyngenta CanadaSaskatchewan Pulse GrowersGénome QuébecU.S. Department of Agriculture
Mots-clésGenomicsBiologyBiotechnologyWork (physics)GenomeGeneticsEngineeringGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The SoyaGen project was a collaborative endeavor involving Canadian soybean researchers and breeders from academia and the private sector as well as international collaborators. Its aims were to develop genomics-derived solutions to real-world challenges faced by breeders. Based on the needs expressed by the stakeholders, the research efforts were focused on maximizing realized yield through optimization of maturity and improved disease resistance. The main deliverables related to molecular breeding in soybean will be reviewed here. These include: (1) SNP datasets capturing the genetic diversity within cultivated soybean (both within a worldwide collection of > 1,000 soybean accessions and a subset of 102 short-season accessions (MG0 and earlier) directly relevant to this group); (2) SNP markers for selecting favorable alleles at key maturity genes as well as loci associated with increased resistance to key pathogens and pests ( Phytophthora sojae , Heterodera glycines , Sclerotinia sclerotiorum ); (3) diagnostic tools to facilitate the identification and mapping of specific pathotypes of P. sojae ; and (4) a genomic prediction approach to identify the most promising combinations of parents. As a result of this fruitful collaboration, breeders have gained new tools and approaches to implement molecular, genomics-informed breeding strategies. We believe these tools and approaches are broadly applicable to soybean breeding efforts around the world.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,987
Score d'incertitude au seuil0,970

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,002
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,064
Tête enseignante GPT0,275
Écart entre enseignants0,210 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2022
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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