Notice bibliographique
Résumé
Background and objectives Glomerular hematuria has varied causes but can have a genetic basis, including Alport syndrome and IgA nephropathy. Design, setting, participants, & measurements We used summary statistics to identify genetic variants associated with hematuria in White British UK Biobank participants. Individuals with glomerular hematuria were enriched by excluding participants with genitourinary conditions. A strongly associated locus on chromosome 2 ( COL4A4 - COL4A3 ) was identified. The region was reimputed using the Trans-Omics for Precision Medicine Program followed by sequential rounds of regional conditional analysis, conditioning on previous genetic signals. Similarly, we applied conditional analysis to identify independent variants in the MHC region on chromosome 6 using imputed HLA haplotypes. Results In total, 16,866 hematuria cases and 391,420 controls were included. Cases had higher urinary albumin-creatinine compared with controls (women: 13.01 mg/g [8.05–21.33] versus 12.12 mg/g [7.61–19.29]; P <0.001; men: 8.85 mg/g [5.66–16.19] versus 7.52 mg/g [5.04–12.39]; P <0.001) and lower eGFR (women: 88±14 versus 90±13 ml/min per 1.72 m 2 ; P <0.001; men: 87±15 versus 90±13 ml/min per 1.72 m 2 ; P <0.001), supporting enrichment of glomerular hematuria. Variants at six loci ( PDPN , COL4A4-COL4A3 , HLA-B , SORL1 , PLLP , and TGFB1 ) met genome-wide significance ( P <5E-8). At chromosome 2, COL4A4 p.Ser969X (rs35138315; minor allele frequency=0.00035; P <7.95E-35; odds ratio, 87.3; 95% confidence interval, 47.9 to 159.0) had the most significant association, and two variants in the locus remained associated with hematuria after conditioning for this variant: COL4A3 p.Gly695Arg (rs200287952; minor allele frequency=0.00021; P <2.16E-7; odds ratio, 45.5; 95% confidence interval, 11.8 to 168.0) and a common COL4A4 intron 25 variant (not previously reported; rs58261427; minor allele frequency=0.214; P <2.00E-9; odds ratio, 1.09; 95% confidence interval, 1.06 to 1.12). Of the HLA haplotypes, HLA-B ( *0801 ; minor allele frequency=0.14; P <4.41E-24; odds ratio, 0.84; 95% confidence interval, 0.82 to 0.88) displayed the most statistically significant association. For remaining loci, we identified three novel associations, which were replicated in the deCODE dataset for dipstick hematuria (nearest genes: PDPN , SORL1 , and PLLP ). Conclusions Our study identifies six loci associated with hematuria, including independent variants in COL4A4 - COL4A3 and HLA-B . Additionally, three novel loci are reported, including an association with an intronic variant in PDPN expressed in the podocyte. Podcast This article contains a podcast at https://www.asn-online.org/media/podcast/CJASN/2022_04_26_CJN13711021.mp3
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,002 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».