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Enregistrement W4225079508 · doi:10.1101/2022.01.26.22269917

Viral Cultures for Assessing Fomites Transmission of SARS-CoV-2: a Systematic

2022· preprint· en· W4225079508 sur OpenAlexafffund
Igho Onakpoya, Carl Heneghan, Elizabeth Spencer, Jon Brassey, Elena Cecilia Roşca, Susanna Maltoni, Annette Plüddemann, David H. Evans, John Conly, Tom Jefferson

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSARS-CoV-2 and COVID-19 Research
Établissements canadiensAlberta Health ServicesUniversity of CalgaryUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesNIHR School for Primary Care ResearchEuropean Academy of NeurologyRegione Emilia-RomagnaUniversity of CalgaryNational Institute for Health and Care ResearchInternational Parkinson and Movement Disorder SocietyWorld Health Organization
Mots-clésSevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)Transmission (telecommunications)Sars virusAirborne transmissionCoronavirus disease 2019 (COVID-19)ChecklistVirology2019-20 coronavirus outbreakBiologyMedicineComputer scienceInfectious disease (medical specialty)

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT This is a protocol for a systematic review to assess fomite transmission in SARS-CoV-2. Our research questions are as follows: Are fomite samples infectious? If so, what proportion are infectious, and what is the distance and duration of infectiousness in the air? What is the relationship between fomites, infectiousness and PCR cycle threshold (Ct)? Is there evidence of a chain of transmission that establishes an actual instance of fomite transmission of SARS-CoV-2? We will include studies of any design (and in any setting) that investigate fomite transmission (defined as any inanimate object that, when contaminated with or exposed to infectious agents, can transfer the agent to a new host). We will only include studies that performed viral culture which assessed cytopathic effect and verification techniques to ensure the cultured virus is SARS-CoV-2. We will assess the risk of bias using a checklist modified from the QUADAS-2 criteria.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,147
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,255
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Revue systématique · Signal consensuel: Revue systématique
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,147
Score d'incertitude au seuil0,777

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,1470,255
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0040,003
Méta-épidémiologie (sens large)0,0130,018
Bibliométrie0,0180,015
Études des sciences et des technologies0,0030,004
Communication savante0,0070,006
Science ouverte0,0050,006
Intégrité de la recherche0,0050,004
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0270,004

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,081
Tête enseignante GPT0,411
Écart entre enseignants0,329 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeRevue systématique
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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