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Enregistrement W4225166183 · doi:10.1101/2022.04.26.22274147

Missense variants in the voltage sensing and pore domain of <i>KCNH5</i> cause neurodevelopmental phenotypes including epilepsy

2022· preprint· en· W4225166183 sur OpenAlexaff
Hannah C. Happ, Lynette G. Sadleir, Matthew Zemel, Guillem de Valles‐Ibáñez, Michael S. Hildebrand, Allyn McConkie‐Rosell, Halie May, Tristan T. Sands, Vimla S. Aggarwal, Christopher Elder, Timothy Feyma, Allan Bayat, Rikke S. Møller, Christina Fenger, Jens Erik Nielsen, Anita Datta, Kathleen M. Gorman, Mary D. King, Natália D. Linhares, Barbara K. Burton, Andrea Paras, Sian Ellard, Julia Rankin, Anju Shukla, Purvi Majethia, Rory J. Olson, Karthik Muthusamy, Lisa A. Schimmenti, Keith Starnes, Lucie Sedláčková, Katalin Štěrbová, Markéta Vlčková, Petra Laššuthová, Alena Jahodová, Brenda E. Porter, Nathalie Couque, Estelle Colin, Clément Prouteau, Corinne Collet, Thomas Smol, Roseline Caumes, Fleur Vansenne, Francesca Bisulli, Laura Licchetta, Richard Person, Erin Torti, Kirsty McWalter, Richard Webster, Gaëtan Lesca, Pierre Szepetowski, Ingrid E. Scheffer, Heather C. Mefford, Gemma L. Carvill

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNational Human Genome Research InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteStanley Center for Psychiatric Research, Broad InstituteNational Institutes of HealthBroad Institute
Mots-clésMissense mutationEpilepsyExome sequencingCohortIntellectual disabilityPhenotypeMedicineExomeNeurodevelopmental disorderPediatricsGeneticsBioinformaticsBiologyInternal medicinePsychiatryGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Objective KCNH5 encodes the voltage-gated potassium channel EAG2/Kv10.2. We aimed to delineate the neurodevelopmental and epilepsy phenotypic spectrum associated with de novo KCNH5 variants. Methods We screened 893 individuals with developmental and epileptic encephalopathies (DEEs) for KCNH5 variants using targeted or exome sequencing. Additional individuals with KCNH5 variants were identified through an international collaboration. Clinical history, EEG, and imaging data were analyzed; seizure types and epilepsy syndromes were classified. We included three previously published individuals including additional phenotypic details. Results We report a cohort of 17 patients, including nine with a recurrent de novo missense variant p.Arg327His, four with a recurrent missense variant p.Arg333His, and four additional novel missense variants. All variants were located in or near the functionally critical voltage-sensing or pore domains, absent in the general population, and classified as pathogenic or likely pathogenic using American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) criteria. All individuals presented with epilepsy with a median seizure onset at six months. They had a wide range of seizure types, including focal and generalized seizures. Cognitive outcomes ranged from normal intellect to profound impairment. Individuals with the recurrent p.Arg333His variant had a self-limited drug-responsive focal or generalised epilepsy and normal intellect, while the recurrent p.Arg327His variant was associated with infantile-onset DEE. Two individuals with variants in the pore-domain were more severely affected, with neonatal-onset DEE, profound disability, and childhood death. Conclusions We report the first cohort of 17 individuals with pathogenic or likely pathogenic missense variants in the voltage sensing and pore domains of Kv10.2, including 14 previously unreported individuals. We present evidence for a putative emerging genotype-phenotype correlation with a spectrum of epilepsy and cognitive outcomes. Overall, we expand the role of EAG proteins in human disease and establish KCNH5 as implicated in a spectrum of neurodevelopmental disorders (NDDs) and epilepsy.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,258
Écart entre enseignants0,238 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2022
Routes d'admission1
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