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Enregistrement W4225278390 · doi:10.1101/2022.04.29.22274455

Protection against Omicron re-infection conferred by prior heterologous SARS-CoV-2 infection, with and without mRNA vaccination

2022· preprint· en· W4225278390 sur OpenAlexafffundabout
Sara Carazo, Danuta M. Skowronski, Marc Brisson, Chantal Sauvageau, Nicholas Brousseau, Rodica Gilca, Manale Ouakki, Sapha Barkati, Judith Fafard, Denis Talbot, Vladimir Gîlca, Geneviève Deceuninck, Christophe Garenc, Alex Carignan, Philippe De Wals, Gaston De Serres

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSARS-CoV-2 and COVID-19 Research
Établissements canadiensUniversité de SherbrookeSte. Anne's HospitalMcGill UniversityCentre hospitalier de l'Université LavalBC Centre for Disease ControlUniversité LavalCentre hospitalier universitaire de QuébecInstitut National de Santé Publique du Québec
Organismes subventionnairesMinistère de la SantéMinistère de la Santé et des Services sociaux
Mots-clésVaccinationMedicineSevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)Odds ratioHeterologousCoronavirus disease 2019 (COVID-19)PopulationVirologyImmunologyBiologyInternal medicineDiseaseGeneEnvironmental healthGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Importance Omicron is phylogenetically- and antigenically-distinct from earlier SARS-CoV-2 variants and the original vaccine strain. Protection conferred by prior SARS-CoV-2 infection against Omicron re-infection, and the added value of vaccination, require quantification. Objective To estimate protection against Omicron re-infection and hospitalization conferred by prior heterologous SARS-CoV-2 (non-Omicron) infection and/or up to three doses of (ancestral, Wuhan-like) mRNA vaccine. Design Test-negative study between December 26 (epi-week 52), 2021 and March 12 (epi-week 10), 2022. Setting Population-based, province of Quebec, Canada Participants Community-dwelling ≥12-year-olds tested for SARS-CoV-2. Exposures Prior laboratory-confirmed infection with/without mRNA vaccination. Outcomes Laboratory-confirmed SARS-CoV-2 re-infection and hospitalization, presumed Omicron by genomic surveillance. The odds of prior non-Omicron infection with/without vaccination were compared among Omicron cases/hospitalizations versus test-negative controls (single randomly-selected per individual). Adjusted odds ratios controlled for age, sex, testing-indication and epi-week. Analyses were stratified by severity and time since last non-Omicron infection or vaccine dose. Results Without vaccination, prior non-Omicron infection reduced the Omicron re-infection risk by 44% (95%CI:38-48), decreasing from 66% (95%CI:57-73) at 3-5 months to 35% (95%CI:21-47) at 9-11 months post-infection and <30% thereafter. The more severe the prior infection, the greater the risk reduction: 8% (95%CI:17-28), 43% (95%CI:37-49) and 68% (95%CI:51-80) for prior asymptomatic, symptomatic ambulatory or hospitalized infections. mRNA vaccine effectiveness against Omicron infection was consistently significantly higher among previously-infected vs. non-infected individuals at 65% (95%CI:63-67) vs. 20% (95%CI:16-24) for one-dose; 68% (95%CI:67-70) vs. 42% (95%CI:41-44) for two doses; and 83% (95%CI:81-84) vs. 73% (95%CI:72-73) for three doses. Infection-induced protection against Omicron hospitalization was 81% (95%CI: 66-89) increasing to 86% (95%CI:77-99) with one, 94% (95%CI:91-96) with two and 97%(95%CI:94-99) with three mRNA vaccine doses. Two-dose effectiveness against hospitalization among previously-infected individuals did not wane across 11 months and did not significantly differ from three-dose effectiveness despite longer follow-up (median 158 and 27 days, respectively). Conclusions and relevance Prior heterologous SARS-CoV-2 infection provided substantial and sustained protection against Omicron hospitalization, greatest among those also vaccinated. In the context of program goals to prevent severe outcomes and preserve healthcare system capacity, >2 doses of ancestral Wuhan-like vaccine may be of marginal incremental value to previously-infected individuals.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,270
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,044
Tête enseignante GPT0,339
Écart entre enseignants0,295 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations19
Publié2022
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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