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Enregistrement W4225304351 · doi:10.1101/2022.04.30.22274189

Then and NOW: A Prospective Population-Level Validation of the Abbott ID NOW SARS-CoV-2 Device Implemented in Multiple Settings for Testing Asymptomatic and Symptomatic Individuals

2022· preprint· en· W4225304351 sur OpenAlexafffundabout
William Stokes, Allison A. Venner, Emily Buss, Graham Tipples, Byron M. Berenger

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSARS-CoV-2 detection and testing
Établissements canadiensUniversity of CalgaryUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesPublic Health AgencyPublic Health Agency of CanadaAlberta Precision LaboratoriesAlberta Health Services
Mots-clésAsymptomaticMedicineOutbreakConfidence intervalPopulationCoronavirus disease 2019 (COVID-19)Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)Internal medicineVirologyEnvironmental healthDisease

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT IMPORTANCE Since December, 2020, the ID NOW was implemented for use in 4 different populations across Alberta: in mobile units as part of community outbreak response, COVID-19 community collection sites, emergency shelters and addiction treatment facilities (ES), and hospitals. OBJECTIVE Diagnostic evaluation of the ID NOW in various real world settings among symptomatic and asymptomatic individuals DESIGN Depending on the implemented site, the ID NOW was tested on patients with symptoms suggestive of COVID-19, asymptomatic close contacts or asymptomatic individuals as part of outbreak point prevalence screening. From Jan – April, a select number of sites also switched from using oropharyngeal swabs to combined oropharyngeal + nasal (O+N) swabs. For every individual tested, two swabs were collected: one for ID NOW testing and the other for either reverse-transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) confirmation of negative ID NOW results or for variant testing of positive ID NOW results. RESULTS A total of 129,112 paired samples were analyzed (16,061 RT-PCR positive). 81,697 samples were from 42 COVID-19 community collection sites, 16,924 from 69 rural hospitals, 1,927 from 9 ES, 23,802 samples from 6 mobile units that responded to 356 community outbreaks, and 4,762 from 3 community collection sites and 1 ES using O+N swabs for ID NOW testing. ID NOW sensitivity was highest among symptomatic individuals presenting to community collection sites [92.5%, 95% confidence interval (CI) 92.0-93.0%, n=10,633 RT-PCR positive] and lowest for asymptomatic individuals associated with community outbreaks (73.9%, 95% CI 69.8-77.7%, n=494 RT-PCR positive). Specificity was greater than 99% in all populations tested, but positive predictive value (PPV) was lower among asymptomatic populations (82.4–91.3%) compared to symptomatic populations (96.0-96.9%). There was no statistically significant differences in sensitivity with respect to age, gender, NP vs OP swab for RT-PCR confirmation, variants of concern, or with combined oropharyngeal and nasal swabs using COVID-19 ID NOW testing. CONCLUSIONS Sensitivity of ID NOW SARS-CoV-2 testing is highest when used on symptomatic community populations not seeking medical care. Sensitivity and PPV drops by approximately 10% when tested on asymptomatic populations. Using combined oropharyngeal and nasal swabs did not improve ID NOW performance.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,054
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,084
Tête enseignante GPT0,338
Écart entre enseignants0,255 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2022
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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