A new taxonomist-curated reference library of DNA barcodes for Neotropical electric fish (Teleostei: Gymnotiformes)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract DNA barcoding is a useful tool for identifying species; however, successful barcode-based identification requires a reference library of barcode sequences from accurately identified specimens. Here we present a reference library of COI barcode sequences for the Neotropical electric knifefish, order Gymnotiformes (Teleostei: Ostariophysi), a model taxon for studies of tropical diversification and biogeography, genomics, behaviour and neurobiology. Our library contains barcodes for 167 of the c. 270 valid species of gymnotiforms derived from geo-referenced museum voucher specimens, and includes sequences from 26 type specimens and 21 specimens from type localities, most of which we collected. To assess the state of gymnotiform barcodes in two main public barcode repositories, GenBank and BOLD, we compared the barcodes in these databases to our reference library. Our analysis shows that a considerable proportion of gymnotiform barcodes in GenBank and BOLD are mis- or unidentified. We encourage taxonomists to develop and publish barcode reference libraries composed of carefully curated barcode sequences.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».