Identification and Functional Characterization of Peptides With Antimicrobial Activity From the Syphilis Spirochete, Treponema pallidum
Notice bibliographique
Résumé
The etiological agent of syphilis,Treponema pallidumssp.pallidum, is a highly invasive “stealth” pathogen that can evade the host immune response and persist within the host for decades. This obligate human pathogen is adept at establishing infection and surviving at sites within the host that have a multitude of competing microbes, sometimes including pathogens. One survival strategy employed by bacteria found at polymicrobial sites is elimination of competing microorganisms by production of antimicrobial peptides (AMPs). Antimicrobial peptides are low molecular weight proteins (miniproteins) that function directly via inhibition and killing of microbes and/or indirectly via modulation of the host immune response, which can facilitate immune evasion. In the current study, we used bioinformatics to show that approximately 7% of theT. pallidumproteome is comprised of miniproteins of 150 amino acids or less with unknown functions. To investigate the possibility that AMP production is an unrecognized defense strategy used byT. pallidumduring infection, we developed a bioinformatics pipeline to analyze the complement ofT. pallidumminiproteins of unknown function for the identification of potential AMPs. This analysis identified 45T. pallidumAMP candidates; of these, Tp0451a and Tp0749 were subjected to further bioinformatic analyses to identify AMP critical core regions (AMPCCRs). Four potential AMPCCRs from the two predicted AMPs were identified and peptides corresponding to these AMPCCRs were experimentally confirmed to exhibit bacteriostatic and bactericidal activity against a panel of biologically relevant Gram-positive and Gram-negative bacteria. Immunomodulation assays performed under inflammatory conditions demonstrated that one of the AMPCCRs was also capable of differentially regulating expression of two pro-inflammatory chemokines [monocyte chemoattractant protein-1 (MCP-1) and interleukin-8 (IL-8)]. These findings demonstrate proof-of-concept for our developed AMP identification pipeline and are consistent with the novel concept thatT. pallidumexpresses AMPs to defend against competing microbes and modulate the host immune response.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».