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Enregistrement W4225391727 · doi:10.1096/fasebj.2022.36.s1.00r88

Structure and Dynamics of Human Perilipin 3 Membrane Association

2022· article· en· W4225391727 sur OpenAlexaff
Yong‐Mi Choi, Kaelin D. Fleming, John E. Burke, Michael V. Airola

Notice bibliographique

RevueThe FASEB Journal · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueLipid metabolism and biosynthesis
Établissements canadiensUniversity of Victoria
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical Sciences
Mots-clésPerilipinMembraneChemistryOrganelleLipid dropletMembrane curvaturePhosphatidic acidPhospholipidBiophysicsEndoplasmic reticulumBiogenesisBiochemistryEndosomeBiologyCell biologyLipid bilayer

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Lipid droplets (LDs) are a unique organelle that contain an oil core mainly composed of triglycerides that is surrounded by a phospholipid monolayer and coated by LD‐associated proteins called perilipins (PLINs). There are five PLINs in human that generally contain a highly conserved N‐terminal PAT domain of unclear function, followed by variable stretches of amphipathic helices previously implicated in LD association, and a C‐terminal 4‐helix bundle domain. During the process of LD biogenesis, perilipin 3 (PLIN3) is the first PLIN to be recruited to nascent LDs as they emerge from the endoplasmic reticulum. However, how PLIN3 recruitment to LDs is affected by lipid composition, and the structure and dynamics of PLIN membrane association has not been examined in detail. Here, using liposome co‐sedimentation and LD‐flotation assays we found that PLIN3 membrane association was enhanced by membrane packing defects and further promoted by the triglyceride precursors diacylglycerol (DAG) and phosphatidic acid. Hydrogen‐deuterium exchange mass spectrometry experiments identified that both the PAT domain and amphipathic helices undergo a transition upon membrane binding from intrinsically disordered to an ordered state. Using constructs containing different portions of the PAT domain and amphipathic helices, we identify a new functional PAT domain that contains all conserved residues and is strongly recruited to DAG enriched membranes. Consistent with these findings, this newly determined functional PAT domain is predicted to form a triangular helical tertiary structure by alphafold and RoseTTAfold. Taken together, this study reveals molecular details of PLIN3 recruitment to membranes and suggests a role for the PAT domain as a major driver of PLIN3 to DAG enriched membranes, which is consistent with the localization of PLIN3 on early nascent LDs.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,212
Écart entre enseignants0,207 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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