Proteome analysis of nuclear Lipid‐Associated Promyelocytic Leukemia (PML) Structures (LAPS) Using Biotin Proximity Labelling
Notice bibliographique
Résumé
Lipid droplets (LD) are organelles composed of a phospholipid monolayer surrounding a core of and triacylglycerol and cholesterol ester. LD have a primary role in energy homeostasis and lipotoxic stress through the regulated storage and release of fatty acids. While LD are cytoplasmic, lipoprotein secreting cells harbor nuclear LD (nLD) that associate with PML, the structural protein of PML nuclear bodies (PML‐NB) that regulate DNA repair and stress responses. Knockout studies in U2OS cells indicated that the 50% of nLDs contain PML isoform II (PML‐II) and have a unique lipid and protein composition marked by the lack of canonical PML‐NB‐associated proteins, such as DAXX, SP100 and SUMO. Owing to their unique composition, we term these subnuclear lipid:protein domains, lipid‐associated PML structures (LAPS). To gain insight into LAPS function, we conducted proximity labeling and mass spectrometry (MS) studies using PML‐I and PML‐II modified by fusion to the ascorbate peroxidase APEX2 that uses biotin‐phenol to biotinylate proteins. U2OS and Huh7 cells expressing PML‐APEX2 fusion proteins were treated with and without oleate, and biotinylated proteins were isolated and analyzed by LC‐MS/MS. Using standard filtering techniques (CRAPome, SAINT, Bayesian false discovery rate) we identified several high confidence interacting proteins associated with the COPII coatomer complex, including Sec24A, Sec23IP, Sec24B, and Sec23B. These Sec23/24 proteins were associated with PML‐I and, to a lesser extent, PML‐II under oleate‐treated conditions. Sec23B was observed to associate with both PML‐NBs as well as LAPS by immunofluorescence microscopy in U2OS cells expressing PML‐II‐APEX2. The COPII pathway has previously been implicated in protein delivery to cytoplasmic LD setting a precedence for the interaction we observed with LAPS. Thus, given our preliminary data showing interaction between Sec 23/24 heterodimer, PML‐NBs and LAPS we are now pursuing the hypothesis that lipid membrane deformation and/or cargo transport activity in the nucleus by COPII proteins could play a role in lipid homeostasis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».