Identification of Genes Essential for Sulfamate and Fluorine Incorporation During Nucleocidin Biosynthesis
Notice bibliographique
Résumé
Nucleocidin, a secondary metabolite of Streptomyces calvus (1), is a derivative of adenosine that contains 4’‐fluorine and 5’‐ O ‐sulfamate groups. Both substituents are rarely observed in natural products. A minimal biosynthetic gene cluster has yet to be defined for nucleocidin, and at least 24 genes appear to be involved. To date, only two functions have been assigned, neither of which are directly involved in sulfamate biosynthesis or fluorination (2, 3). In this presentation, we present biosynthetic studies on two newly discovered producers of nucleocidin, Streptomyces virens B‐24331 and Streptomyces aureorectus B‐24301 (4). Both strains are shown to be significantly (up to 30‐fold) better producers of nucleocidin than S. calvus . Gene disruption experiments in S. virens have identified, for the first time, genes differentially impacting sulfmate and 4’‐fluorine biosynthesis. These and additional results will be presented. References : (1) Zhu, X. M., et al., Biosynthesis of the Fluorinated Natural Product Nucleocidin in Streptomyces calvus Is Dependent on the bldA ‐Specified Leu‐tRNA(UUA) Molecule. ChemBioChem 2015 , 16 , 2498–2506. (2) Feng, X., et al . Two 3’‐ O ‐b‐glucosylated nucleoside fluorometabolites related to nucleocidin in Streptomyces calvus. Chem. Sci . 2019 , 10 , 9501‐9505. (3) Ngivprom, U., et al . Characterization of NucPNP and NucV involved in theearly steps of nucleocidin biosynthesis in Streptomyces calvus . RSC Adv., 2021 , 11 , 3510‐3515. (4) Chen, Y., et al., Streptomyces aureorectus DSM 41692 and Streptomyces virens DSM 41465 are producers of the antibiotic nucleocidin and 4’‐fluoroadenosine is identified as a co‐product. Org. Biomol. Chem . 2021 , DOI: 10.1039/d1ob01898a.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».