The Shape of Silence: A Role for the Nuclear Envelope in Transcriptional Regulation
Notice bibliographique
Résumé
The lipid drug edelfosine integrates into the nuclear envelope (NE) of S. cerevisiae (budding yeast) and results in its morphological deformation. As biologists we are guided by a central tenant that form and function are inextricably linked. This is true for the thumb on a hand and a protein produced in a cell. We hypothesized that this will also be true for the organelles inside a eukaryotic cell, wherein changes in nuclear shape would lead to changes in nuclear functions, like alterations in gene expression and protein localization. Using live cell imaging combined with yeast genetics and biochemical approaches, we found that edelfosine treatment led to dispersion of the membrane‐associated SIR complex and triggered processing of the membrane‐sensing transcription factors, Mga2 and Spt23. By a complementary approach of RNA‐seq followed by transcriptomic analysis, we identified that targets of Mga2 as well as subtelomeric regions were upregulated in response to edelfosine, while ribosomal protein targets of Rap1 were downregulated. Our work suggests that disruption of the nuclear membrane is sufficient to trigger changes in membrane‐associated transcription factors and chromatin remodellers. Our data indicate that nuclear membrane integrity is linked to transcriptional regulation. The NE could be a novel target for chemotherapeutics as lipid drugs like edelfosine do not cause DNA damage and would likely not pose mutagenic threats.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».