A Novel Human Heterozygous <i>SCP2</i> Mutation Leads to Alterations in Lipid Metabolism
Notice bibliographique
Résumé
Peroxisomal β‐oxidation plays a critical role in the detoxification of fatty acids and in cholesterol metabolism to form bile acids. The sterol carrier protein‐x (SCPx) is a lipid transfer protein with thiolase activity catalyzing the final step of the peroxisomal β‐oxidation process. SCPx deficiency has been previously reported in only two patients. Here, we report the third patient with SCPx deficiency and the first resulting from a heterozygous mutation in the SCP2 gene encoding SCPx. The patient presented with azoospermia, cardiac dysrhythmia, muscle wasting, and progressive brainstem neurodegeneration. The objective of this work was to investigate the link between the patient’s SCP2 mutation and his clinical presentations. We hypothesized that, because SCPx plays a critical role in the transport and metabolism of many lipids, the patient’s SCP2 mutation could lead to widespread alterations in lipid‐related genes and their target pathways. Patient fibroblasts (WESP) and normal human dermal fibroblasts (NHDF) were used to investigate the effects of the SCP2 mutation. RNA sequencing was used to identify lipid‐related differentially expressed genes, which led to the identification of metabolic pathways affected by the patient’s SCP2 mutation including cholesterol metabolism, peroxisome proliferator‐activated receptor (PPAR) signaling, and serotonergic synapse signaling. Lipidomic analyses were used to identify changes in the levels of various lipids including several sterols, free fatty acids, phospholipids, and acylcarnitines. This led to the identification of other affected metabolic pathways including steroid biosynthesis, bile acid metabolism, and fatty acid degradation. Collectively, these findings show that the patient’s heterozygous mutation in SCP2 led to alterations in several lipid metabolic pathways, which may explain certain clinical consequences of SCPx deficiency.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».