Plastid genomes reveal evolutionary shifts in elevational range and flowering time of <i>Osmanthus</i> (Oleaceae)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Species of Osmanthus are economically important ornamental trees, yet information regarding their plastid genomes (plastomes) have rarely been reported, thus hindering taxonomic and evolutionary studies of this small but enigmatic genus. Here, we performed comparative genomics and evolutionary analyses on plastomes of 16 of the 28 currently accepted species, with 11 plastomes newly sequenced. Phylogenetic studies identified four main lineages within the genus that are here designated the: “Caucasian Osmanthus” (corresponding to O. decorus), “Siphosmanthus” (corresponding to O. sect. Siphosmanthus), “O. serrulatus + O. yunnanensis,” and “Core Osmanthus: (corresponding to O. sect. Osmanthus + O. sect. Linocieroides). Molecular clock analysis suggested that Osmanthus split from its sister clade c. 15.83 Ma. The estimated crown ages of the lineages were the following: genus Osmanthus at 12.66 Ma; “Siphosmanthus” clade at 5.85 Ma; “O. serrulatus + O. yunnanensis” at 4.89 Ma; and “Core Osmanthus: clade at 6.2 Ma. Ancestral state reconstructions and trait mapping showed that ancestors of Osmanthus were spring flowering and originated at lower elevations. Phylogenetic principal component analysis clearly distinguished spring‐flowering species from autumn‐flowering species, suggesting that flowering time differentiation is related to the difference in ecological niches. Nucleotide substitution rates of 80 common genes showed slow evolutionary pace and low nucleotide variations, all genes being subjected to purifying selection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».