A New Oomycete Metabarcoding Method Using the <i>rps10</i> Gene
Notice bibliographique
Résumé
Oomycetes are a group of eukaryotes related to brown algae and diatoms, many of which cause plant and animal diseases. Improved methods are needed for rapid and accurate characterization of oomycete communities using DNA metabarcoding. We have evaluated the mitochondrial 40S ribosomal protein S10 ( rps10) gene as a locus for oomycete metabarcoding and provide primers predicted to amplify this region from all oomycetes based on a wide range of available reference sequences. We evaluated its utility relative to the internal transcribed spacer 1 (ITS1), by sequencing environmental samples and a mock community using Illumina MiSeq. Amplified sequence variants (ASVs) and operational taxonomic units (OTUs) were identified per community. Observed sequences and predicted taxonomy of ASVs and OTUs were compared with the known composition of the mock community. Both rps10 and ITS yielded ASVs with sequences matching 21 of the 24 species in the mock community and matching all 24 when allowing for a 1-bp difference. Taxonomic classifications of ASVs included 23 members of the mock community for rps10 and 17 for ITS1. Sequencing results for the environmental samples suggest that the rps10 locus results in substantially less amplification of nontarget organisms than the ITS1 method. The amplified rps10 region also has higher taxonomic resolution than ITS1, allowing for greater discrimination of closely related species. We present a new website with a searchable rps10 reference database for species identification and all protocols needed for oomycete metabarcoding. The rps10 barcode and methods described herein provide an effective tool for metabarcoding oomycetes using short-read sequencing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,006 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».