Genetic Diversity And Population Structure of Zymoseptoria Tritici Populations of Southern Ethiopia Using SSR Markers
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The fungal disease Zymoseptoria tritici causes Septoria tritici blotch, which is one of the most serious challenges to wheat production in Ethiopia and around the world. Understanding the pathogen's genetic structure is critical for developing and implementing effective management methods. Therefore, the present study targeted to explore the genetic structure of 51 Z. tritici isolates collected from four wheat producing zones of South and Southwestern parts of Ethiopia using nine microsatellite markers. In all of the examined isolates, a Z. tritici specific diagnostic marker that targets the ITS rDNA had amplified a predicted fragment size of 345bp. The number of alleles, gene diversity, and polymorphic information content per locus ranged from 9 to 14, 0.80 to 0.88, and 0.70 to 0.87, respectively, indicating a significant degree of genetic variety within populations. The results of an analysis AMOVA revealed a moderate (0.14) genetic differentiation, with 86 percent of total genetic variability (3.93) occurring within populations. Due to the existence of considerable gene flow, the dendrogram produced by UPGMA and PCoA also revealed a moderate population clustering in which the populations were not clearly clustered according to their sample areas. Furthermore, population structure analysis using a Bayesian model loosely grouped the population into five (K) sub-groups with substantial genetic mixing. The populations of the Kembata-Tembar and Hadiya zone have higher genetic variability than the other populations studied, and hence can be considered STB hot sites for future research on pathogen dynamics, germplasm screening, and host-pathogen interactions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».