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Enregistrement W4226103794 · doi:10.1136/jmedgenet-2021-107751

<i>De novo</i> coding variants in the <i>AGO1</i> gene cause a neurodevelopmental disorder with intellectual disability

2021· article· en· W4226103794 sur OpenAlexaff
Audrey Schalk, Margot A. Cousin, Nikita R. Dsouza, Thomas D. Challman, Karen E. Wain, Zöe Powis, Kelly Q. Minks, Aurélien Trimouille, Eulalie Lasseaux, Didier Lacombe, Chloé Angelini, Vincent Michaud, Julien Van‐Gils, Nino Spataro, Anna Ruiz, Elizabeth Gabau, Elliot Stolerman, Camerun Washington, Ray Louie, Brendan C. Lanpher, Jennifer L. Kemppainen, Micheil Innes, R. Frank Kooy, Marije Meuwissen, Alice Goldenberg, François Lecoquierre, Gabriella Vera, Karin E. M. Diderich, Beth Rosen Sheidley, Christelle Moufawad El Achkar, Meredith Park, Fadi F. Hamdan, Jacques L. Michaud, Ann J. Lewis, Christiane Zweier, André Reis, Matias Wagner, Heike Weigand, Hubert Journel, Boris Keren, Sandrine Passemard, Cyril Mignot, Koen L.I. van Gassen, Eva H. Brilstra, Gina Itzikowitz, Emily O’Heir, Jake Allen, Kirsten A. Donald, Bruce R. Korf, Tammi Skelton, Michelle L. Thompson, Nathaniel H. Robin, Natasha L. Rudy, William B. Dobyns, Kimberly Foss, Yuri A. Zárate, Katherine A. Bosanko, Yves Alembik, Benjamin Durand, Frédéric Tran Mau‐Them, Emmanuelle Ranza, Xavier Blanc, Stylianos E. Antonarakis, Kirsty McWalter, Erin Torti, Francisca Millan, Amy Dameron, Mari Tokita, Michael T. Zimmermann, Eric W. Klee, Amélie Piton, Bénédicte Gérard

Notice bibliographique

RevueJournal of Medical Genetics · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensCentre Hospitalier Universitaire Sainte-JustineAlberta Children's HospitalUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesNational Institute of Mental HealthNational Institute on Alcohol Abuse and AlcoholismNational Institutes of HealthBroad Institute
Mots-clésGeneticsBiologyIntellectual disabilityGeneExonMissense mutationArgonauteGene silencingPhenotypeRNA interferenceRNA

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background High-impact pathogenic variants in more than a thousand genes are involved in Mendelian forms of neurodevelopmental disorders (NDD). Methods This study describes the molecular and clinical characterisation of 28 probands with NDD harbouring heterozygous AGO1 coding variants, occurring de novo for all those whose transmission could have been verified (26/28). Results A total of 15 unique variants leading to amino acid changes or deletions were identified: 12 missense variants, two in-frame deletions of one codon, and one canonical splice variant leading to a deletion of two amino acid residues. Recurrently identified variants were present in several unrelated individuals: p.(Phe180del), p.(Leu190Pro), p.(Leu190Arg), p.(Gly199Ser), p.(Val254Ile) and p.(Glu376del). AGO1 encodes the Argonaute 1 protein, which functions in gene-silencing pathways mediated by small non-coding RNAs. Three-dimensional protein structure predictions suggest that these variants might alter the flexibility of the AGO1 linker domains, which likely would impair its function in mRNA processing. Affected individuals present with intellectual disability of varying severity, as well as speech and motor delay, autistic behaviour and additional behavioural manifestations. Conclusion Our study establishes that de novo coding variants in AGO1 are involved in a novel monogenic form of NDD, highly similar to the recently reported AGO2 -related NDD.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,329
Score d'incertitude au seuil0,311

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,257
Écart entre enseignants0,245 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations30
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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