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Enregistrement W4226108724 · doi:10.3389/fmicb.2021.771832

Characterization of the Microbiota Associated With 12-Week-Old Bovine Fetuses Exposed to Divergent in utero Nutrition

2022· article· en· W4226108724 sur OpenAlexaff
Samat Amat, Devin B. Holman, Kaycie N. Schmidt, Kacie L McCarthy, Sheri T. Dorsam, Alison K Ward, Pawel P. Borowicz, Lawrence P. Reynolds, Joel S Caton, Kevin K. Sedivec, Carl R Dahlen

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Microbiology · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGut microbiota and health
Établissements canadiensAgriculture and Agri-Food Canada
Organismes subventionnairesNorth Dakota Agricultural Experiment StationNorth Dakota State UniversityU.S. Department of AgricultureNational Institute of Food and AgricultureNational Science Foundation
Mots-clésBiologyFirmicutesAmniotic fluidFetusRuminococcusGut floraStenotrophomonasMicrobiologyMicrobiomeProteobacteriaBacteroidetesOperational taxonomic unitGestationPlacentaPhysiologyPregnancyImmunologyBacteria16S ribosomal RNA

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A recent study reported the existence of a diverse microbiota in 5-to-7-month-old calf fetuses, suggesting that colonization of the bovine gut with so-called “pioneer” microbiota may begin during mid-gestation. In the present study, we investigated 1) the presence of microbiota in bovine fetuses at early gestation (12 weeks), and 2) whether the fetal microbiota is influenced by the maternal rate of gain or dietary supplementation with vitamins and minerals (VTM) during early gestation. Amniotic and allantoic fluids, and intestinal and placental (cotyledon) tissue samples obtained from fetuses ( n = 33) on day 83 of gestation were processed for the assessment of fetal microbiota using 16S rRNA gene sequencing. The sequencing results revealed that a diverse and complex microbial community was present in each of these fetal compartments evaluated. Allantoic and amniotic fluids, and fetal intestinal and placenta microbiota each had distinctly different (0.047 ≥ R 2 ≥ 0.019, P ≤ 0.031) microbial community structures. Allantoic fluid had a greater ( P < 0.05) microbial richness (number of OTUs) (Mean 122) compared to amniotic fluid (84), intestine (63), and placenta (66). Microbial diversity (Shannon index) was similar for the intestinal and placental samples, and both were less diverse compared with fetal fluid microbiota ( P < 0.05). Thirty-nine different archaeal and bacterial phyla were detected across all fetal samples, with Proteobacteria (55%), Firmicutes (16.2%), Acidobacteriota (13.6%), and Bacteroidota (5%) predominating. Among the 20 most relatively abundant bacterial genera, Acidovorax , Acinetobacter , Brucella , Corynebacterium , Enterococcus , Exiguobacterium , and Stenotrophomonas differed by fetal sample type ( P < 0.05). A total of 55 taxa were shared among the four different microbial communities. qPCR of bacteria in the intestine and placenta samples as well as scanning electron microscopy imaging of fetal fluids provided additional evidence for the presence of a microbiota in these samples. Minor effects of maternal rate of gain and VTM supplementation, and their interactions on microbial richness and composition were detected. Overall, the results of this study indicate that colonization with pioneer microbiota may occur during early gestation in bovine fetuses, and that the maternal nutritional regime during gestation may influence the early fetal microbiota.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,199
Écart entre enseignants0,191 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations34
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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