A high-quality, long-read genome assembly of the endangered ring-tailed lemur (<i>Lemur catta</i>)
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The ring-tailed lemur (Lemur catta) is a charismatic strepsirrhine primate endemic to Madagascar. These lemurs are of particular interest, given their status as a flagship species and widespread publicity in the popular media. Unfortunately, a recent population decline has resulted in the census population decreasing to <2,500 individuals in the wild, and the species's classification as an endangered species by the IUCN. As is the case for most strepsirrhine primates, only a limited amount of genomic research has been conducted on L. catta, in part owing to the lack of genomic resources. RESULTS: We generated a new high-quality reference genome assembly for L. catta (mLemCat1) that conforms to the standards of the Vertebrate Genomes Project. This new long-read assembly is composed of Pacific Biosciences continuous long reads (CLR data), Optical Mapping Bionano reads, Arima HiC data, and 10X linked reads. The contiguity and completeness of the assembly are extremely high, with scaffold and contig N50 values of 90.982 and 10.570 Mb, respectively. Additionally, when compared to other high-quality primate assemblies, L. catta has the lowest reported number of Alu elements, which results predominantly from a lack of AluS and AluY elements. CONCLUSIONS: mLemCat1 is an excellent genomic resource not only for the ring-tailed lemur community, but also for other members of the Lemuridae family, and is the first very long read assembly for a strepsirrhine.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».