Molecular phylogeny and evolution of Calaphidinae (Hemiptera: Aphididae)
Notice bibliographique
Résumé
Calaphidinae is the second-largest subfamily in the family Aphididae. Despite their species diversity and some taxonomic controversy, no phylogenetic studies have been conducted on them thus far. Herein, we report the first molecular phylogeny of Calaphidinae and two related lineages, Phyllaphidinae and Saltusaphidinae, based on five genes (3418 bp) for 126 taxa. Maximum parsimony, maximum-likelihood and Bayesian inference phylogenetic analyses were performed on the multilocus dataset. Divergence time estimation, biogeographical reconstruction, ancestral host plant reconstruction and PhyloType analyses were performed to identify evolutionary trends in Calaphidinae. Our phylogenetic results lead to several conclusions: Phyllaphidinae is a sister group to Calaphidinae s.l.; Calaphidinae is paraphyletic with respect to the former "Saltusaphidinae"; the ingroup clade was subdivided into nine newly recognized lineages; and three subtribes of Calaphidinae (Monaphidina, Calaphdina and Panaphidina) and many genera were not recovered as monophyletic. A new classification is proposed with eight tribal divisions that reflect our phylogenetic results, including three new tribes (Pterocallidini trib.n., Pseudochromaphidini trib.n. and Shivaphidini trib.n.) and three new statuses (Saltusaphidini stat.n., Therioaphidini stat.n. and Myzocallidini stat.n.). The ancestral reconstruction results imply that the ingroup taxa's common ancestor originated in the Eastern Palaearctic and might have fed on Fagaceae in the Late Cretaceous. Later, multiple host shifts and an expanding geographical distribution led to the current species diversity of Calaphidinae. Our reconstructions suggest that species diversification cannot solely be explained by speciation via host shifts and that geographical isolation probably also played a key role. Our results provide new insight into the natural classification and history of the host plant associations and biogeography of Calaphidinae s.l.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».