Gene expression management in a stony coral, Acropora tenuis, depends upon identities of algal symbionts and developmental stages
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Coral recruits of a reef-building coral, genus Acropora, acquire dinoflagellate symbionts, Durusdinium and Symbiodinium, which are necessary for survival. However, among coral transcriptomic responses that occur at the commencement of symbiosis, it is unknown which occur regardless of the taxonomic identity of the alga, which are specific to each algal genus, and which represent changes in larval developmental stage. We performed two comparative transcriptomic analyses using A. tenuis to examine responses to inoculation with Durusdinium or Symbiodinium species and inoculation with a symbiotic species, D. trenchii in different coral developmental stages (planula larvae and primary polyps). While obvious gene expression changes were observed in planula larvae inoculated with Symbiodinium, few gene expression changes were elicited in planula larvae exposed to Durusdinium, whereas primary polyps showed dynamic transcriptomic changes in response to Durusdinium. We identified transcriptomic responses of A. tenuis that were common to both D. trenchii and S. microadriaticum during early life stages, such as upregulation of solute carrier (SLC) transporters and downregulation of amino acid metabolic enzymes, allowing us to determine whether algae are symbiotic or parasitic. Such changes were not observed in planula larvae inoculated with Durusdinium, suggesting that Durusdinium may not be a symbiont of planula larvae, as it is for primary polyps. Interestingly, some upregulated SLC transporters are tandemly duplicated in the A. tenuis genome, and expression of those transporters depends upon the algal symbiont and coral developmental stage, suggesting a possible genomic adaptation of coral hosts driven by gene duplication to accommodate diverse symbiotic associations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».