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Enregistrement W4229453431 · doi:10.21203/rs.3.rs-1285855/v1

Protective association of HLA-DRB1*04 subtypes in neurodegenerative diseases implicates acetylated tau PHF6 sequences

2022· preprint· en· W4229453431 sur OpenAlexaff
Emmanuel Mignot, Yann Le Guen, Guo Luo, Aditya Ambati, Vincent Damotte, Iris E. Jansen, Eric Yu, Aude Nicolas, Itziar de Rojas, Thiago Peixoto Leal, Akinori Miyashita, Céline Bellenguez, Michelle Mulan Lian, Kayenat Parveen, Takashi Morizono, Hyeonseul Park, Benjamin Grenier‐Boley, Tatsuhiko Naito, Fahri Küçükali, Seth D. Talyansky, Selina Yogeshwar, Vicente Peris Sempere, Wataru Sempere, Victoria Álvarez, Beatrice Arosio, Michaël E. Belloy, Luisa Benussi, Anne Boland, Barbara Borroni, María J. Bullido, Paolo Caffarra, Jordi Clarimón, Antonio Daniele, D.H. Darling, Stéphanie Debette, Jean‐François Deleuze, Martin Dichgans, Carole Dufouil, Emmanuel During, Emrah Düzel, Daniela Galimberti, Guillermo García‐Ribas, José María García‐Alberca, Pablo García‐González, Vilmantas Giedraitis, Oliver Goldhardt, Caroline Graff, Edna Grünblatt, Olivier Hanon, Lucrezia Hausner, Stefanie Heilmann‐Heimbach, Henne Holstege, Jakub Hort, Yoo Jin Jung, Jürgen Deckert, Silke Kern, Teemu Kuulasmaa, Ling Ling, Carlo Masullo, Patrizia Mecocci, Shima Mehrabian, Alexandre de Mendonça, Merçé Boada, Pablo Mir, Susanne Moebus, Fermín Moreno, Benedetta Nacmias, Gaël Nicolas, Shumpei Niida, Børge G. Nordestgaard, Goran Papenberg, Janne M. Papma, Lucilla Parnetti, Florence Pasquier, Pau Pástor, Oliver Peters, Yolande A.L. Pijnenburg, Gerard Piñol‐Ripoll, Julius Popp, Laura Molina‐Porcel, Raquel Puerta, Jordi Pérez‐Tur, Innocenzo Rainero, Inez H.G.B. Ramakers, Luís Miguel Real, Steffi G. Riedel‐Heller, Eloy Rodríguez‐Rodríguez, José Luís Royo, Dan Rujescu, Nikolaos Scarmeas, Philip Scheltens, Norbert Scherbaum, Anja Schneider, Davide Seripa, Ingmar Skoog, Vincenzo Solfrizzi, Gianfranco Spalletta, Alessio Squassina, John C. van Swieten, Raquel Sánchez‐Valle, Eng‐King Tan, Thomas Tegos, Charlotte E. Teunissen, Jesper Qvist Thomassen, Lucio Tremolizzo, Martin Vyhnálek, Frans Verhey, Margda Wærn, Jens Wiltfang, Jing Zhang, Henrik Zetterberg, Kaj Blennow, Julie Williams, Philippe Amouyel, Frank Jessen, Patrick G. Kehoe, Ole A. Andreassen, Cornelia M. van Duijn, Magda Tsolaki, Pascual Sánchez‐Juan, Ruth Frikke‐Schmidt, Kristel Sleegers, Tatsushi Toda, Anna Zettergren, Martin Ingelsson, Yukinori Okada, Giacomina Rossi, Mikko Hiltunen, Jungsoo Gim, Kouichi Ozaki, Rebecca Sims, Jia Nee Foo, Wiesje M. van der Flier, Takeshi Ikeuchi, Alfredo Ramı́rez, Ignácio F. Mata, Agustı́n Ruiz, Ziv Gan‐Or, Kun Ho Lee, Jean‐Charles Lambert, Michael D. Greicius

Notice bibliographique

RevueResearch Square · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAmyotrophic Lateral Sclerosis Research
Établissements canadiensMcGill UniversityMontreal Neurological Institute and Hospital
Organismes subventionnairesInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleEU Joint Programme – Neurodegenerative Disease ResearchEuropean CommissionJapan Agency for Medical Research and DevelopmentVetenskapsrådetDevelopment of Innovative Strategies for a Transdisciplinary approach to ALZheimer's diseaseAlzheimer's AssociationMichael J. Fox Foundation for Parkinson's Research
Mots-clésHuman leukocyte antigenOdds ratioAmyotrophic lateral sclerosisGenetic associationTau proteinDiseaseImmunologyBiologyMedicineGeneticsAlzheimer's diseaseAntigenPathologySingle-nucleotide polymorphismGenotypeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Using genome-wide association data, we analyzed Human Leukocyte Antigen (HLA) associations in over 176,000 individuals with Parkinson’s (PD) or Alzheimer’s (AD) disease versus controls across ancestry groups. A shared genetic association was observed across diseases at rs601945 (PD: odds ratio (OR)=0.84; 95% confidence interval, [0.80; 0.88]; p=2.2x10-13; AD: OR=0.91[0.89; 0.93]; p=1.8x10-22), and with a protective HLA association recently reported in amyotrophic lateral sclerosis (ALS). Hierarchical protective effects of HLA-DRB1*04 subtypes best accounted for the association, strongest with HLA-DRB1*04:04 and HLA-DRB1*04:07, intermediary with HLA-DRB1*04:01 and HLA-DRB1*04:03, and absent for HLA-DRB1*04:05. The same signal was associated with decreased neurofibrillary tangles (but not neuritic plaque density) in postmortem brains and was more strongly associated with tau levels than Aβ42 levels in the cerebrospinal fluid. Finally, protective HLA-DRB1*04 subtypes strongly bound the aggregation-prone tau PHF6 sequence, but only when acetylated at K311, a modification central to aggregation. An HLA-DRB1*04-mediated adaptive immune response, potentially against tau, decreases PD, AD and ALS risk, offering the possibility of new therapeutic avenues.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,066
Tête enseignante GPT0,406
Écart entre enseignants0,340 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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