Peer Review #2 of "Tip dating with fossil sites and stratigraphic sequences (v0.1)"
Notice bibliographique
Résumé
Tip dating, a method of phylogenetic analysis in which fossils are included as terminals and assigned an age, is becoming increasingly widely used in evolutionary studies.Current implementations of tip dating allow fossil ages to be assigned as a point estimate, or incorporate uncertainty through the use of uniform tip age priors.However, the use of tip age priors has the unwanted effect of decoupling the ages of fossils from the same fossil site.Here we introduce a new Markov Chain Monte Carlo (MCMC) proposal, which allows fossils from the same site to have linked ages, while still incorporating uncertainty in the age of the fossil site itself.We also include an extension, allowing fossil sites to be ordered in a stratigraphic column with age bounds applied only to the top and bottom of the sequence.These MCMC proposals are implemented in a new open-source BEAST2 package, palaeo.We test these new proposals on a dataset of early vertebrate fossils, concentrating on the effects on two sites with multiple acanthodian fossil taxa but wide age uncertainty, the Man On The Hill (MOTH) site from northern Canada, and the Turin Hill site from Scotland, both of Lochkovian (Early Devonian) age.The results show an increased precision of age estimates when fossils have linked tip ages compared to when ages are unlinked, and in this example leads to support for a younger age for the MOTH site compared with the Turin Hill site.There is also a minor effect on the tree topology of acanthodians.These new MCMC proposals should be widely applicable to studies that employ tip dating, particularly when the terminals are coded as individual specimens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,011 | 0,093 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,005 | 0,001 |
| Communication savante | 0,010 | 0,006 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,007 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,570 | 0,425 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».