Impact of exposures to persistent endocrine disrupting compounds on the sperm methylome in regions associated with neurodevelopmental disorders
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Although autism spectrum disorder (ASD) is among the most heritable of neurodevelopmental disorders, the rapidly rising prevalence of ASD suggests that environmental factors may contribute to epigenetic modifications that can influence risk for ASD. Endocrine disrupting compounds (EDCs), such as the long-lived organochlorines, are of particular interest with respect to risk for autism because of their ability to interfere with sex hormones that have been implicated in ASD. Methods: Whole genome bisulfite sequencing was used to identify genome-wide differentially methylated regions (DMRs) in a total of 52 sperm samples from a cohort of Faroese men who were equally divided into high and low exposure groups based on their serum levels of the long-lived organochlorine 1,1-dichloro-2,2-bis(p-chlorophenyl)ethylene (DDE). Inhabitants of the Faroe Islands, who as a group are considered a genetic isolate, may be exposed to higher than average levels of such persistent EDCs because of their native diet that is enriched in pilot whale meat and blubber. Gene ontology and pathway analyses were used to determine enrichment in ASD-relevant pathways and functions among the DMR-associated genes. Results: DMRs were enriched in autism risk genes and could also discriminate between samples in high and low exposure groups. Functional and pathway analyses of these DMR-associated genes show significant enrichment for neurodevelopmental processes frequently impacted by ASD. Of note, the DMR-associated genes significantly overlap with those previously identified in sperm from fathers of children with ASD versus fathers of neurotypical children, thus suggesting a potential environmental mechanism for introducing ASD-associated epigenetic changes in the sperm methylome. Limitations: A limitation of this study is the relatively low number of samples, although this is somewhat offset by the use of a genetic isolate which reduces the genetic heterogeneity that is often a major challenge in epigenetic studies. Another limitation is the lack of a completely unexposed set of samples for comparisons since persistent EDCs can be detected in a majority of individuals. Conclusion: Results of this study show that elevated exposure to certain organochlorines is associated with genome-wide DNA methylation patterns in sperm affecting genes involved in neurological functions and developmental disorders, including ASD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».