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Enregistrement W4230953482 · doi:10.1371/journal.pgen.1005336

Correction: Exome Sequencing in an Admixed Isolated Population IndicatesNFXL1 Variants Confer a Risk for Specific Language Impairment

2015· erratum· en· W4230953482 sur OpenAlexfundno aff
Pía Villanueva, Ron Nudel, Alexander Hoischen, María Angélica Fernández, Nuala H. Simpson, Christian Gilissen, Rose H. Reader, Lillian Jara, María Magdalena Echeverry, Clyde Francks, Gillian Baird, Gina Conti‐Ramsden, Anne O’Hare, Patrick Bolton, Elizabeth R Hennessy, Hernán Palomino, Luis G. Carvajal‐Carmona, Joris A. Veltman, Jean‐Baptiste Cazier, Zulema De Barbieri, Simon E. Fisher, Dianne F. Newbury

Notice bibliographique

RevuePLoS Genetics · 2015
Typeerratum
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics and Neurodevelopmental Disorders
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesSt. John's College, University of OxfordHospital for Sick ChildrenKing's College LondonUniversity of AberdeenUniversity of OxfordMedical Research CouncilQueen Margaret University
Mots-clésBiologyExome sequencingExomeGeneticsComputational biologyPopulationEvolutionary biologyBioinformaticsMutationGeneDemography

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Children affected by Specific Language Impairment (SLI) fail to acquire age appropriate language skills despite adequate intelligence and opportunity. SLI is highly heritable, but the understanding of underlying genetic mechanisms has proved challenging. In this study, we use molecular genetic techniques to investigate an admixed isolated founder population from the Robinson Crusoe Island (Chile), who are affected by a high incidence of SLI, increasing the power to discover contributory genetic factors. We utilize exome sequencing in selected individuals from this population to identify eight coding variants that are of putative significance. We then apply association analyses across the wider population to highlight a single rare coding variant (rs144169475, Minor Allele Frequency of 4.1% in admixed South American populations) in the NFXL1 gene that confers a nonsynonymous change (N150K) and is significantly associated with language impairment in the Robinson Crusoe population (p = 2.04 × 10–4, 8 variants tested). Subsequent sequencing of NFXL1 in 117 UK SLI cases identified four individuals with heterozygous variants predicted to be of functional consequence. We conclude that coding variants within NFXL1 confer an increased risk of SLI within a complex genetic model.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,248
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,024
Tête enseignante GPT0,260
Écart entre enseignants0,236 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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