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Enregistrement W4231308358 · doi:10.1002/hep.27522

Poster Session 3: Basic Hepatobiliary Neoplasia

2014· article· en· W4231308358 sur OpenAlexaff
Jennifer Au, Angel E. Dago, Kelly Bethel, Peter Kühn, Ran- Dolph Schaffer, Randolph Schaffer, Arihiro Aihara, Chiung‐Kuei Huang, Mark Olsen, Qiushi Lin, Waihong Chung, Qi Tang, Xiaoqun Dong, Jack R. Wands, Marie‐Christine Guilbert, Geneviève Soucy, Dominique Trudel, Bich Nguyen, Poh Seng Tan, Anu Venkatesh, Stephen C. Ward, Claudia Canasto‐Chibuque, Anna P. Koh, Venugopalan D. Nair, Manjeet Deshmukh, Shigeki Nakagawa, Xiaochen Sun, Masahiro Kobayashi, Hiromitsu Kumada, Yujin Hoshida, Hiromi Kan, Hideyuki Hyogo, Hiroshi Aikata, Tomoki Kobayashi, Takayuki Fukuhara, Noriaki Naeshiro, Yohji Honda, Tomokazu Kawaoka, Masataka Tsuge, Akira Hiramatsu, Michio Imamura, Yoshiiku Kawakami, Takeshi Aiyama, Tatsuya Orimo, Hideki Yokoo, Takanori Ohata, Kanako C. Hatanaka, Yutaka Hatanaka, Yoshihiro Matsuno, Kenji Wakayama, Tatsuhiko Kakisaka, Yosuke Tsuruga, Hirofumi Kamachi, Toshiya Kamiyama, Akinobu Take- Tomi, C.-G. Hur, Byoung Kuk Jang, Jeong I. Kim, Kyung Rin Yang, Hye Min Park, Sang Gon Lee, Eun Sun Choi, Jung Eun Lee, J. Woo, Jae-Seok Hwang, Yoo Na Kang, Koo Jeong Kang

Notice bibliographique

RevueHepatology · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCholangiocarcinoma and Gallbladder Cancer Studies
Établissements canadiensUniversité de Montréal
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésSession (web analytics)MedicineGastroenterologyInternal medicineGeneral surgeryComputer scienceWorld Wide Web

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Hepatocellular carcinoma (HCC) is the third leading cause of cancer-related death worldwide.Over 600,000 new cases are diagnosed each year.Early stage disease can be cured with surgical resection or liver transplantation.Liver transplantation offers the best chance at a cure; however, recurrence rates are as high as 40% for those transplanted.The enumeration of circulating tumor cells (CTCs) is an independent prognostic biomarker in patients with malignancies including breast and colon cancer.CTCs in the peripheral blood of HCC patients have been correlated to tumor size, portal vein tumor thrombosis, and stage.There is no data regarding the utility of CTC identification and molecular characterization to predict patients at high risk of HCC recurrence.Copy number variations (CNVs) are a mechanism of genetic mutation through which malignancy can arise.PUR-POSE: The purpose of our study is to assess CNV profiles of CTCs and matched primary tumor samples as biomarkers for malignant potential and risk of HCC recurrence.METHODS: Serum and tumor samples were collected from 100 patients over three years.Peripheral blood samples collected before, at the time of, and at multiple points after surgery were analyzed for CTCs.CTCs isolated from the peripheral blood were identified using a high definition CTC assay and primary tumor tissues were sampled as touch preps.The genomes of the isolated CTC and touch prep single cells were amplified and sequenced to determine genome wide CNV profiles (single cell genomic analysis).RESULTS: Presently, 45 patients have undergone total hepatectomy with liver transplantation and 16 partial hepatic resections for HCC with 3 episodes of recurrence to date.One patient recurred after partial hepatectomy and two after transplant.CTC levels varied between patients and at different times in the clinical course.Over 80% of CTCs and primary tumor cells identified were successfully isolated, and genetically amplified for CNV profiling.CNV profiles of different cell populations from the same patient often had similar mutation patterns.Some of those mutations identified have been associated with more aggressive malignancy.CONCLU-SION: We successfully demonstrated the ability to perform high-content CNV analysis of single cells from primary HCC tumors and CTCs in patients with tumor recurrence following definitive surgical therapy.The initial success of this pilot study suggests that CNV analysis of CTCs may prove beneficial in predicting risk of HCC recurrence after liver transplantation or resection.A comprehensive study to further investigate is currently underway.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: Autre
Score de désaccord entre enseignants0,737
Score d'incertitude au seuil0,881

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0030,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,2630,115

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,261
Écart entre enseignants0,246 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2014
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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