Notice bibliographique
Résumé
Recent evidence shows that mRNA stability and turn-over is an integral control point in the regulation of gene expression. The stability of various mRNAs within a eukaryotic cell can differ and this results in a magnitude of difference in mRNA abundance. An enzyme known as APE1, apurinic/apyrimidinic DNA endonuclease 1, has recently been discovered to possess an endoribonuclease activity against c-myc messenger RNA (mRNA) in vitro. The identification of APE1 as an endoribonuclease warranted this research to further characterize this novel activity both in vitro and in vivo. Previous studies have discovered the residues constituting an active site for apurinic/aprymidinic [sic] DNA (AP-DNA) incision activity of APE1. Whether these residues are shared in the RNA-cleaving activity of APE1 was unknown. The first objective of this thesis was to assess the role of these amino acid residues in contributing to the endoribonuclease activity of APE1. Our results revealed that APE1 indeed shared these residues to cleave both RNA and AP-DNA. However, we also discovered certain differences in the activities of one mutant (D283N) in carrying out AP-DNA and RNA incisions. This suggested that the roles of active site residues in each reaction are not entirely identical. In addition, we have assessed the RNA-cleaving activities of APE1 variants identified in the human population. For a few variants, RNA-cleaving activities were severely reduced while its AP-DNA incision activities were functional. These results suggested a possible unrecognized link between the reductions in the RNA-cleaving activity of the variants and their reported association in certain diseases. The second objective of this thesis was to establish the RNA secondary structures and sequences that are preferentially cleaved by APE1. Our results revealed that APE1 has preference for cleaving the single stranded regions or weakly base paired regions of the RNA. Also, preferred sequences of cleavage were determined to be UA, UG, and CA dinucleotides. Prevalent A
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».