Differential gene expression in Lavandula angustifolia Mill. under adaptation ex vitro
Notice bibliographique
Résumé
Propagation of commercial lavender (Lavandula angustifolia Mill.) cultivars in vitro has a number of advantages over seed or vegetative (cuttings) propagation: obtaining a uniform, genetically stable and healthy planting material. At the same time, the effectiveness of this process depends on the subsequent adaptation of the obtained plants to the open-field conditions. The research was carried out on the 'Prima' cultivar in the collection of the Nikita Botanical Gardens. Leaves were collected from plants grown in vitro before transferring them to in vivo conditions and from plants after 7 days adaptation in a Conviron multilevel plant growth chamber (Canada). Lavender plants were cultured in vitro on MS culture medium supplemented with 0.5 mg/L BAP or 0.5 mg/L kinetin and 0.025 mg/L NAA at a temperature of 22-25 C, 14-16-hour photoperiod, light intensity -25.0-37.5 mol m -2 s -1 . To induct rhizogenesis (after third passage). MS medium with different content of auxins, IBA or NAA (0.5-1.0 mg/L), was used. To analyze possible molecular mechanisms, which are the base of the adaptive processes in plants, at the time of transition from in vitro growth to in vivo growth the sampels of total RNA were isolated from leaves by the NucleoSpin RNA Plant protocol (NucleoSpin, Germany) and 24 barcoded RNA-Seq libraries were created using Illumna TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit. Sequencing was made on a high-performance sequencer Illumina NextSeq 550 using the NextSeq 500 HighOutputv2 Kit with an estimated capacity of at least 90 million reads. As a result of sequencing, 3 libraries of transcriptomic data were obtained for each of the states (in vitro and in vivo). For the obtained data, pre-preparation, de novo transcriptome assembly, transcript-level expression analysis, search for protein-coding regions and their annotation using the SwissProt Viridiplantae database, and evaluation of differential expression were made. The transcripts of up-regulation and down-regulation have been identified. The following software packages were used: FastP v. 0.19.5, Trinityv.2.11.0, Kallistov.0.46.1, TransDecoder v.5.5.0, BLASTv.2.11.0, edgeRv.3.32.1.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».