Abstract 18898: Long Non-coding RNA Fingerprint Regulated by Stretch and Cyclic Strain in Vascular Smooth Muscle Cells: Implications for Aortic Aneurysms
Notice bibliographique
Résumé
Background: Alterations in the characteristics of vascular smooth muscle cells (VSMCs), triggered largely by changes in mechanical stress, play a critical role in the pathophysiology of aneurysms and hypertension. Understanding the molecular determinants that link altered rheology to aberrant VSM remodeling may uncover novel approaches to treat vascular diseases. Long noncoding RNAs (lncRNAs) are a new class of noncoding RNA and emerging evidence suggest that they not only have a key role in the regulation of various biological processes but also represent a cellular hub for coordination of various cellular, inflammatory, and immune reactions involved in health and disease. In the present study, we report for the first time the lncRNA fingerprint regulated by cyclic strain in VSMCs. Methods and Results: VSMCs were plated on Bioflex plates, starved, and subjected to 20% elongation (1 Hz) for 24 h (Flexcell® FX4000™). Total RNA was extracted using TRIzol. LncRNAs and mRNAs were profiled with the Arraystar Human LncRNA Microarray V3.0. Of the 30,586 human lncRNAs screened, 580 were differentially expressed (p<0.05) in stretched VSMCs. Amongst the 26,109 protein-coding transcripts evaluated, 26 of those differentially expressed were associated with 28 of the aforementioned differentially expressed lncRNAs (p<0.05). Subsequent KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) analysis revealed that the differentially expressed mRNAs chemokine (C-X-C motif) ligand 1/2/3/5 (CXCL1/2/3/5), matrix metalloproteinase-3 (MMP-3), tumor necrosis factor, alpha-induced protein 3 (TNFAIP3) and vascular cell adhesion protein 1 (VCAM1), were largely associated with the tumor necrosis factor (TNF) signaling pathway, which has been previously associated with VSMC stretch-response. Further Gene Ontology analysis indicated that the differentially expressed mRNAs were associated with cell differentiation, stress response, response to external stimuli and cell migration. Conclusions: We provide the first global fingerprint of cyclic strain regulated lncRNAs in VSMC cells. This information provides novel insights into the regulatory switches governing aberrant VSMC remodeling, which may have importance in the pathogenesis of aneurysms and hypertension.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».