MPTH-14. MOLECULAR CLASSIFICATION AND CLINICAL CHARACTERISTICS OF MEDULLOBLASTOMAS IN JAPAN
Notice bibliographique
Résumé
Resent intensive genomic and molecular biological analyses of medulloblastomas have revealed that they are at least classified into four core subgroups: WNT, SHH, Group 3, and Group 4 based on difference in cytogenetics, mutational spectra, and gene expression signatures, as well as in clinical phenotypes and outcomes. This four-subgroup system of medulloblastomas will become not only a novel prognostic marker but also lead to improved diagnosis and risk stratification systems in combination with metastatic, cytogenetics, and or mutational statuses. To deal with this progress, we have founded the Japanese Pediatric Molecular Neuro-oncology Group (JPMNG) and initiated a clinical research project to establish a nationwide network of a molecular diagnosis system for pediatric brain tumors in Japan. Fresh-frozen and/or formalin-fixed paraffin-embedded archived tissue specimens are collected. Diagnostic methods have been optimized to reliably and reproducibly classify them into molecular subgroups according to the consensus criteria. These include gene expression analysis using the NanoString nCounter system, immunohistochemistry, and DNA sequencing. We have so far collected a total of 190 medulloblastomas from 37 hospitals. An analysis using 149 meduloblastomas indicated that proportions of four core subgroups were WNT (12.1%), SHH (28.9%), Group 3 (15.4%) and Group 4 (43.6%), respectively. The frequencies of Group3 are lower and Group 4 is higher than those of published results. CTNNB1 mutations were found in 88.9% of WNT, and TP53 mutations were identified in 17.6% of WNT and 24.3% of SHH, and 1.7% of Group 4. Mutation of TERT promoter was also found in 5 SHH tumors. Prognosis of WNT/SHH was very good, while Group 3 showed the poorest prognosis of all 4 subgroups median survival time being 22.9 months. The JPMNG project will thus improve the molecular diagnosis of pediatric brain tumors, leading to more appropriate treatment choice and better clinical outcomes in Japan.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».