Peer Review #1 of "Tracing hepatitis B virus (HBV) genotype B5 (formerly B6) evolutionary history in the circumpolar Arctic through phylogeographic modelling (v0.2)"
Notice bibliographique
Résumé
Background.Indigenous populations of the circumpolar Arctic are considered to be endemically infected (>2% prevalence) with hepatitis B virus (HBV), with subgenotype B5 (formerly B6) unique to these populations.The distinctive properties of HBV/B5, including high nucleotide diversity yet no significant liver disease, suggest virus adaptation through long-term host-pathogen association. Methods.To investigate the origin and evolutionary spread of HBV/B5 into the circumpolar Arctic, fiftyseven partial and full genome sequences from Alaska, Canada and Greenland, having known location and sampling dates spanning 40 years, were phylogeographically investigated by Bayesian analysis (BEAST 2) using a reversible-jump-based substitution model and a clock rate estimated at 4.1x10 -5 substitutions/site/year. Results. Following an initial divergence from an Asian viral ancestor approximately 1954 years before present (YBP; 95% highest probability density interval [1188, 2901]), HBV/B5 coalescence occurred almost 1000 years later.Surprisingly, the HBV/B5 ancestor appears to locate first to Greenland in a rapid coastal route progression based on the landscape aware geographic model, with subsequent B5 evolution and spread westward.Bayesian skyline plot analysis demonstrated an HBV/B5 population expansion occurring approximately 400 YBP, coinciding with the disruption of the Neo-Eskimo Thule culture into more heterogeneous and regionally distinct Inuit populations throughout the North American Arctic.Discussion.HBV/B5 origin and spread appears to occur coincident with the movement of Neo-Eskimo (Inuit) populations within the past 1000 years, further supporting the hypothesis of HBV/host coexpansion, and illustrating the concept of host-pathogen adaptation and balance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,014 | 0,117 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,007 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,006 | 0,002 |
| Communication savante | 0,012 | 0,007 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,007 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,459 | 0,244 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».