Volumetric Characterization of Interactions of Glycine Betaine with Protein Groups
Notice bibliographique
Résumé
We report the partial molar volumes and adiabatic compressibilities of N -acetyl amino acid amides and oligoglycines at glycine betaine (GB) concentrations ranging from 0 to 4 M. We use these results to evaluate the volumetric contributions of amino acid side chains and the glycyl unit (−CH 2 CONH−) as a function of GB concentration. We analyze the resulting GB dependences within the framework of a statistical thermodynamic model and evaluate the equilibrium constant for the reaction in which a GB molecule binds each of the functionalities under study replacing four water molecules. We calculate the free energy of the transfer of functional groups from water to concentrated GB solutions, Δ G tr, as the sum of a change in the free energy of cavity formation, ΔΔ G C, and the differential free energy of solute–solvent interactions, ΔΔ G I, in a concentrated GB solution and water. Our results suggest that the transfer free energy, Δ G tr, results from a fine balance between the large ΔΔ G C and ΔΔ G I contributions. The range of the magnitudes and the shape of the GB dependence of Δ G tr depend on the identity of a specific solute group. The interplay between ΔΔ G C and ΔΔ G I results in pronounced maxima in the GB dependences of Δ G tr for the Val, Leu, Ile, Trp, Tyr, and Gln side chains as well as the glycyl unit. This observation is in qualitative agreement with the experimental maxima in the T M -versus-GB concentration plots reported for ribonuclease A and lysozyme.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».