Genetic polymorphism in the POU1F1 gene in Kalahari Red and two Nigerian goat breeds and their relationship with litter size
Notice bibliographique
Résumé
POU1F1 gene controls cell differentiation and animal growth by binding to target DNA promoter sequence, thereby auto-regulating its own expression and expression of growth hormone (GH), prolactin (PRL) and thyroid-stimulating hormone beta sub-unit (TSHβ) genes. Therefore, the exploration of caprine POU1F1 gene polymorphisms may be vital in the formulation of conservation and breed improvement strategies. In this study, POU1F1 gene was characterized for sequence polymorphisms in 366 individuals from two Nigerian goat breeds ((West African Dwarf (WAD) and Red Sokoto (RS)) and one South African goat breed (Kalahari (KR)). The effects of polymorphisms on litter size were investigated using linear mixed model. Two intronic mutations (g.306G>A and g.11236C>T) were identified. However, no significant association was found between the Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) and litter size in the three populations. The genetic distance based on POU1F1 investigated region revealed that the two Nigerian breeds and the South African breed were identical (pairwise genetic distance of 0.00). Phylogenetic tree constructed from the pairwise distance clustered the three breeds into a single clade with the two Nigerian goat breeds having a more recent common ancestor. Structural analysis of the POU1F1 protein confirmed that Pit-Oct-Unc transcription factors domain (POU) and Homeodomain (HOX) domains are conserved in mammals, with several overlapping sub-domains across the same region in all the three populations. We found a subdomain Subfamily of SANT domain or myb/SANT-like domain in Adf-1 (MADF) in goat, cattle, buffalo and camel that has not been reported in mammals
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».