Notice bibliographique
Résumé
A critical step in spliceosome assembly is the formation of the U4/U6 di-snRNP particle in which U4 and U6 snRNAs are engaged in an extensive intermolecular base pairing interaction. Little is known about how this particle is formed or its role in pre-mRNA splicing, and current models of U6 snRNA secondary structure in free U6 snRNP do not offer insight into these questions. We have generated a new model of U6 snRNA secondary structure in free U6 snRNP that is consistent with existing structural and genetic data. A key feature of our model is that a previously proposed 3' intramolecular stem/loop has been replaced with two stem/loops, one of which sequesters the functionally important ACAGAGA sequence. We show support for this model through genetic analyses as well as oligonucleotide accessibility experiments in which the ACAGAGA sequence was inaccessible to a complementary oligonucleotide. This observation is consistent with only our model since all other proposed models predict that this sequence resides in a large single-stranded region of the molecule and should therefore be accessible for efficient oligonucleotide annealing. Our model predicts that the ACAGAGA sequence is unavailable for interaction with the pre-mRNA transcript until a large structural re-arrangement exposes the sequence during early stages of spliceosome assembly. We propose that U4 snRNA is responsible for promoting the U6 snRNA structural re-arrangement, releasing the ACAGAGA sequence from the sequestering interaction through the establishment of an intermolecular interaction between U4 and U6 to generate the di-snRNP particle.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».