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Enregistrement W4233545370 · doi:10.24124/2012/bpgub866

Investigating the Cellular Localization of APE1.

2012· dissertation· en· W4233545370 sur OpenAlexaff
Sang Eun Kim

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typedissertation
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA Research and Splicing
Établissements canadiensCanadian HeritageUniversity of Northern British ColumbiaLibrary and Archives Canada
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésNuclear localization sequenceBiologyExonucleaseNLSDNA repairPopulationAP siteDNARNADNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyaseMolecular biologyCell biologyCytoplasmPolymeraseGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Apurinic/apyrimidinic endonuclease 1 (APE1) is a well-known DNA repair enzyme with multiple functions which include redox-activation, 3'-DNA phosphodiesterase, 3'-5' DNA exonuclease, and RNase H activities. Recently the novel function of APE1 in RNA metabolism has been demonstrated. APE1 was shown to possess the ability to cleaving single-stranded RNA as well as abasic RNA. It was also shown to physically interact with proteins involved in RNA metabolism. Previous studies have discovered the altered distribution and expression of APE1 in different cell types including cancer cells. The cytoplasmic distribution of APE1 has been shown to have correlation with aggressive carcinomas and poor prognoses for patients. This has led to an increasing number of studies on the undefined extra-nuclear roles of APE1 and APE1's potential implications in cancer development. In this thesis, I aimed (i) to confirm the importance of nuclear localization signal (NLS) of APE1 at the N-terminus, (ii) to discover the role of single nucleotide change of APE1 human population variants in its sub-cellular distribution, (iii) to assess the cellular localization of APE1 with processing bodies and stress granules under cellular stresses, and (iv) to initiate immune-fluorescence analysis of APE1 in breast cancer tissue. Our results revealed that APE1 indeed has an important NLS of 1-20 amino acids at the N-terminus and APE1 human population variants showed nuclear localizations identical to the wild-type APE1. There was no co-localization of APE1 with PBs and/or SBs implying that APE1 is unlikely to be involved in mRNA processing that is carried out in PBs and SGs. We observed redistribution of the ND20-APE1-GFP upon cellular stresses in HepG2 cells and this phenomenon has highlighted possible degradation of the cytoplasmic APE1 upon cellular stress. This finding is also consistent with previous discovery of the five critical lysine residues that are responsible for ubiquitination and APE1 degradation upon cellular stress. In summary, this

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,277
Écart entre enseignants0,263 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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