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Enregistrement W4234599067 · doi:10.3410/f.733247750.793546363

Faculty Opinions recommendation of Structural basis for gating pore current in periodic paralysis.

2018· dataset· en· W4234599067 sur OpenAlexaff
Gerald W. Zamponi

Notice bibliographique

RevueFaculty Opinions – Post-Publication Peer Review of the Biomedical Literature · 2018
Typedataset
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueIon channel regulation and function
Établissements canadiensUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGatingChemistryBiophysicsPeriodic paralysisMutationMembrane potentialSodium channelCrystallographyBiochemistrySodiumBiologyMedicineParalysis

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Potassium-sensitive Hypokalemic and Normokalemic Periodic Paralysis (HypoPP, NormoPP) are inherited skeletal muscle diseases characterized by episodes of flaccid muscle weakness 1,2 .They are caused by mutations in one gating charge in an S4 transmembrane segment in the voltage sensor (VS) of voltage-gated sodium channel Na v 1.4 or calcium channel Ca v 1.1 1,2 .Mutations of the outermost arginine gating charges (R1 and R2) cause HypoPP 1,2 by creating a pathogenic gating pore in the VS through which cations leak in the resting state 3,4 .Mutations of the third arginine gating charge (R3) cause NormoPP 5 owing to cationic leak in activated/inactivated states 6 .Here we present high-resolution structures of these pathogenic gating pores in the model bacterial sodium channel Na V Ab 7,8 .Mutation of R2 in Na V Ab gives gating pore current in resting states, whereas mutation of R3 gives gating pore current in activated/inactivated states.Mutations R2G and R3G have no effect on backbone structures of VS, but create aqueous space near the hydrophobic constriction site (HCS) that controls gating charge movement through VS.The R3G mutation extends the extracellular aqueous cleft completely through the activated VS.Although the R2G mutation does not create a continuous aqueous pathway in the activated state, molecular modeling of the resting state reveals a complete water-accessible pathway.Crystal structures of Na V Ab/R2G in complex with guanidinium define a potential drug target site.Molecular dynamics simulations illustrate the mechanism of Na + permeation through the mutant gating pore in concert with conformational fluctuations of gating charge R4.Our results reveal pathogenic mechanisms Users may view, print, copy, and download text and data-mine the content in such documents, for the purposes of academic research,

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Jeu de données · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,480
Score d'incertitude au seuil0,741

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0030,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0070,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,4800,294

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,034
Tête enseignante GPT0,367
Écart entre enseignants0,333 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreJeu de données

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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