Faculty Opinions recommendation of Translation readthrough mitigation.
Notice bibliographique
Résumé
A fraction of ribosomes engaged in translation will fail to terminate when reaching a stop codon, yielding nascent proteins inappropriately extended on their C-termini.Although such extended proteins can interfere with normal cellular processes, known mechanisms of translational surveillance are insufficient to protect cells from potential dominant consequences.Through a combination of transgenics and CRISPR/Cas9 gene editing in C. elegans, we demonstrate a consistent ability of cells to block accumulation of C-terminal extended proteins that result from failure to terminate at stop codons.3'UTR-encoded sequences were sufficient to lower protein levels.Measurements of mRNA levels and translation suggested a co-or post-translational mechanism of action for these sequences in C. elegans.Similar mechanisms evidently operate in human cells, where we observed a comparable tendency for translated human 3'UTR sequences to reduce mature protein expression in tissue culture assays, including 3' sequences from the hypomorphic "Constant Spring" hemoglobin stop codon variant.We suggest 3'UTRs may encode peptide sequences that destabilize the attached protein, providing mitigation of unwelcome and varied translation errors.Failure of translation termination to occur at a stop codon can lead to ribosomes translating into a 3'UTR.In some cases translation may proceed through the 3'UTR and into the poly(A) tail, triggering a process termed "nonstop" decay and destabilizing both the mRNA and nascent protein (reviewed in 1 ).However, for a majority of 3'UTRs a stop codon is encountered prior to the poly(A) tail 2,3 .Readthrough events that encounter a subsequent termination codon are outside the scope of known translational surveillance pathways including nonstop 1 .Depending on the 3'UTR and the frame in which the ribosome enters, the late stop codon can be several, tens, or even hundreds of codons into a 3'UTR, producing variant proteins with potentially problematic C-terminal appendages.This issue is
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,018 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,009 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,155 | 0,151 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».